偶然的通行人さん、ありがとうございます。

確かに10年前のマシンですので、一応はシステム要件を満たしてはいるもののスペック不足といえそうですね。
テーマをModernにするとちらつきがなくなるようなので、とりあえずはこれでしのいでみることにします。

皆様、ありがとうございました。

横から失礼します。
おおかた解決されたようにお見受けしますが、若干の補足として...。

[quote="nkr"]OS:WindowsXP SP3
メモリー:512MB
CPU:Pentium III 1.2GHz[/quote]
SeaMonkey 2.1 のバックボーン（Gecko エンジン）は Firefox 4.0 系と同等です。
JavaScript は J?gerMonkey engine になりましたし、プラグイン・プロセス分離 OOPP（Out of process plugins）が導入されています。ハードウェアアクセラレーションも初期値で有効です。Sync も標準で装備されました（セットアップはユーザーの任意）。

つまり、要求するハードウェア・スペックは明らかに上がっています。実際、初期状態での起動直後のメモリ使用量は、2.0 と比較して 2.1 のほうが有意に増加しています。（メモリ使用量が増えたこと自体が悪いわけではないのですが...。）

このため、とくにスペックが低めのハードウェア環境では、SeaMonkey 2.1 の動作に予期しない問題が起こる場合が考えられます。
例えばご提示の PC スペックで、グラフィックメモリがメインメモリと共用で、セキュリティ対策ソフトその他が常駐していて、SeaMonkey 2.1 で Flash を含むサイトを表示したような場合、システム全体にかなりの負荷がかかることがあります。
必ずそうなるとはいえませんが、このような場合にシステムの描画処理がもたついたり、ちらつきのような反応になったりすることは、ありえる話だと思います。
こうなると、Firefox 側のレンダリングに関するパラメータを調整しただけでは、完全には解決できないかもしれません。

気がつくことは以上です。外してたらすみません。

（余談）
SeaMonkey Project のページを見ると、下記のようになっています。
・[url=http://www.seamonkey-project.org/doc/2.1/system-requirements]SeaMonkey 2.1 - System Requirements[/url]
・[url=http://www.seamonkey-project.org/doc/2.0/system-requirements]SeaMonkey 2.0 - System Requirements[/url]
このうち、とくに Windows 環境のシステム要件は、SeaMonkey 2.0 と 2.1 の記述がこの投稿をした時点ではまったく同じです。
一方、Firefox のシステム要件は下記のようになっています。
・[url=http://mozilla.jp/firefox/4.0/system-requirements/]Firefox 4 システム要件[/url]
・[url=http://mozilla.jp/firefox/3.5/system-requirements/]Firefox 3.5 システム要件[/url]

SeaMonkey 2.0 が 実質的に Firefox 3.5 系に相当するものだったこと、SeaMonkey 2.1 が Firefox 4.0 系に相当するものであることから見て、Firefox のシステム要件と比べると SeaMonkey のそれはいささか不自然な気もするのですが......。

（参考）Firefox の解説がそのまま SeaMonkey にも当てはまるわけではありませんが、ベース部分の考え方は理解の助けになると思います。記事中のリンク先を含め、読んでみてください。
・[url=http://mozilla.jp/blog/entry/6738/]Firefox 4 トラブルシューティング：もしアップグレード後に問題が起こったら[/url]

marさん、ありがとうございます。

[quote="mar"]Firefox 4 と同じハードウェアアクセラレーション機能が搭載されたので、その関係かもしれません。
[編集] > [設定] > [表示] > [コンテンツ] から、
[ハードウェアアクセラレーションが利用可能なとき利用する] のチェックを外してみてください。[/quote]

残念ながら、この方法ではダメでした。

[quote="mar"]もう一つの可能性としては、ページの描画計算が終わる前に表示されていることが原因かもしれません。
ページを読み込んでから描画するまでの遅延時間を設定してみてください。

about:config (アドレスバーに入力して Enter キーを押す) を開き、次の値を新規作成して設定してください。

空いたところを右クリックして、[新規作成] > [整数値]
設定名: nglayout.initialpaint.delay
設定値: 100 (単位はミリ秒)[/quote]

この方法で設定値を5000位にすると、読み込み時のちらつきはなくなりました。
ただし、スクロール時のちらつきがなくなったときとなくならないときがあります。

設定等でどうにもならないとあれば、ハードの問題も考えられそうです。
いかんせん、10年近く前のマシンですのでｗ

[quote="nkr"]Seamonkeyを2.0.14から2.1にバージョンアップしましたが、以下の条件のときに画像の読み込み中やスクロール時に画面がチラつくようになりました。 [/quote]
Firefox 4 と同じハードウェアアクセラレーション機能が搭載されたので、その関係かもしれません。
[編集] > [設定] > [表示] > [コンテンツ] から、
[ハードウェアアクセラレーションが利用可能なとき利用する] のチェックを外してみてください。

[quote="nkr"]追伸：
ちらついているタブからほかのタブに移り、再び元のタブに戻るとちらつかなくなります。[/quote]
もう一つの可能性としては、ページの描画計算が終わる前に表示されていることが原因かもしれません。
ページを読み込んでから描画するまでの遅延時間を設定してみてください。

about:config (アドレスバーに入力して Enter キーを押す) を開き、次の値を新規作成して設定してください。

空いたところを右クリックして、[新規作成] > [整数値]
設定名: nglayout.initialpaint.delay
設定値: 100 (単位はミリ秒)

追伸：
ちらついているタブからほかのタブに移り、再び元のタブに戻るとちらつかなくなります。

Seamonkeyを2.0.14から2.1にバージョンアップしましたが、以下の条件のときに画像の読み込み中やスクロール時に画面がチラつくようになりました。

・テーマをデフォルトテーマにする
・設定→タブブラウズ→タブ表示の「新しいタブを前面に表示する（リンクを開いたとき）」にチェック
・サイトのリンクを中クリックして新しいタブでリンク先を見る

当方の環境だけで起こるのか、ほかの環境で起こるのか不明です。

OS:WindowsXP SP3
メモリー:512MB
CPU:Pentium III 1.2GHz