たぶん、このあたりの関係かと思われますが...。
http://mozilla-remix.seesaa.net/article/130522337.html
http://level.s69.xrea.com/mozilla/index.cgi?id=20091017_MS_Plugin

明示されていませんが、文面から OS は Windows ですよね。
お尋ねのご趣旨とは違うかもしれませんが、以前に Firefox で Windows Presentation Foundation（WPF）を消すため、ぼくが“自己流”で調べて実行した対処法を書きます。
SeaMonkey でも考え方は同じですし、ぼくの環境では問題なく処理できていますが、正確な理論に裏打ちされたものではありませんから参考程度に...。

[b]【下調べ】[/b]
1. WPF ブラグインの実体である NPWPF.DLL は、Microsoft.NET Framework のインストールディレクトリ（A）に存在する。
（A）C:\WINDOWS\Microsoft.NET\Framework\v3.5\Windows Presentation Foundation\NPWPF.dll
　　　| ユーザーが意識的に入れないかぎり、
　　　| Firefox / SeaMonkey（以下、カテゴリ的に「SeaMonkey」で総称）
　　　| のインストールディレクトリ下にある plugins フォルダ内には存在しない。
　　　| ましてプロファイルフォルダ内にはない。
2. Microsoft.NET Framework がインストールまたは更新されたときに、Windows レジストリにある MozillaPlugins キー下（B）に NPWPF.DLL のパス情報などが登録されていて、SeaMonkey は起動時にレジストリからこの情報を読み込んでいる。
（B）HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\MozillaPlugins\@microsoft.com/WPF,version=3.5
3. SeaMonkey にプラグインを削除する UI はない。（2.0 系以降はアドオンマネージャから [無効] にすることはできる。）

[b]【WPF を無効にするいくつかの方法】[/b]
（a）SeaMonkey 2.0 系以降のアドオンマネージャ（1.1.x 系はない）から WPF を無効にする。
　　->　SeaMonkey はプラグインの存在を認識してはいるが機能を停止している状態。
（b）WPF のプラグイン情報をレジストリから削除する。
　　->　SeaMonkey はプラグインの存在を認識しない状態。-> アドオンマネージャから消える。
（c）NPWPF.DLL を削除する。（※できれば b を同時に実行するのが吉？）
　　->　プラグインの実体そのものが存在しない状態。
※ぼくは試していないので断言はできませんが、b を生かしたまま c だけ実行すると、レジストリ情報の整合性がとれなくなって、もしかしたら SeaMonkey でヘンなエラーが出るかもしれません。

[b]【採用した方法】[/b]
使っている Mozilla 製品全般で WPF を利用することはまずないと判断したが、先々のことは少し不安だったので（b）を採用。実行方法は次のとおり。
　　レジストリ・エディタを開いて
　　HKEY_LOCAL_MACHINE -> SOFTWARE -> MozillaPlugins　とキーをたどり
　　MozillaPlugins の下にあるレジストリキー（左ペイン／たぶん複数ある）のうち
　　@microsoft.com/WPF,version=3.5
　　を [右クリック] -> [削除]
[color=red][b]（注 1）レジストリ・エディタの使用は慎重の上にも慎重に。完全に自己責任の世界です。[/b]
（注 2）これを実行すると、原則的にすべての Mozilla 製品で WPF が認識されなくなります。[/color]

[b]【予防措置】[/b]
念のため、削除前にレジストリキー（B）を REG ファイルとしてエクスポート・保管した。
万が一、（B）のレジストリキーを削除したことで SeaMonkey の動作がおかしくなったり、どうしても SeaMonkey で WPF が必要になったときは、この REG ファイルをレジストリにインポートするか、消さなかった NPWPF.DLL を SeaMonkey の plugins フォルダにコピーすることで対処の予定。（実行してから今日まで、予防措置に頼る事態はまったく起こっていませんが...。）

以上です。おかしなことを言ってたらすみません。どなたかフォローいただけると幸いです。
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Firefox 3.5.4RC + 3.0.15RC + others
Thunderbird 3.0b4 + 2.0.0.23 + others
on Windows XP Pro SP3

SM2RC1を使っていたら、Windows Presentation Foundationがブラウザを不安定化させるから
無効にしろと指示が出ました。このプラグインの評判が悪いのは知ってるので無効にするのは
問題ないのですが、削除するにはどうしたらいいのでしょうか。

アドオンマネージャからはプラグインの削除ができないみたいなのですが、直接プロフィールフォルダから削除する以外にプラグインの削除は出来ないものなのでしょうか。