深い部分の解説は SeaMonkey に詳しい方がフォローしてくださることを期待しつつ、現象面について分かる範囲で...。
モゲラ さんが書きました:
そもそもこれは何のためのフォルダなのでしょうか?
もしかして、Netscape や Mozilla（Suite）からブックマークを引き継いでお使いでしょうか。
「ユーザ設定ツールバー フォルダ」はおそらく古い呼び名で、現在の「パーソナルツールバーフォルダ（Personal Toolbar Folder）」のことだと思います。
パーソナルツールバーを表示させたとき、このフォルダに入れてある個々のブックマーク（アドレス／URL）が並びます。そういう役割を持った特殊なフォルダです。
モゲラ さんが書きました:
ブックマークマネージャからも削除できませんし、SM2でも相変わらず削除できません。
上述のように特殊なフォルダなので、[ブックマークの管理] などから削除しようにも、メニューの [削除] がグレーアウトされて選択することができません。キーボードから [Delete] を押してもダメです。
しかし、[ブックマークの管理] 画面のメニューから [表示] を見るとわかりますが、[パーソナルツールバーフォルダとして設定] という項目があり、パーソナルツールバーフォルダの役割を担うフォルダを任意に切り替えることが可能です。つまり、フォルダの名称は本質的ではなく、フォルダに「パーソナルツールバーフォルダとしての属性を持たせるか否か」がポイントです。
モゲラ さんが書きました:
Seamonkey のブックーマークにディフォルトで存在する「ユーザ設定ツールバー フォルダ」というフォルダを削除することは可能でしょうか。
SeaMonkey 1.1.x 系も、2.0bx も、条件付で可能です。
「削除できない」というところから想像して、現在、モゲラさんのブックマーク（全体）の中でパーソナルツールバーフォルダの特殊な役割を割り振られているのが「ユーザ設定ツールバー フォルダ」だと思われます。
なので、この役割を別のフォルダに切り替えれば、「ユーザ設定ツールバー フォルダ」は削除可能になるはずです。
[ブックマークの管理] から、とりあえず何でもいいのでブックマーク（全体）の中にある任意のフォルダを [パーソナルツールバーフォルダとして設定] します。そうしたら「ユーザ設定ツールバー フォルダ」は削除できると思います。
条件付というのは、フォルダのどれか一つは（その名称に関係なく）パーソナルツールバーフォルダの役割を持つことになる点です。
もっとも、パーソナルツールバーを表示しないのであれば、どのフォルダがパーソナルツールバーフォルダの役割を持ったとしても、大勢に影響はないでしょう。一方、パーソナルツールバーを表示するのであれば、その点をよく考えてフォルダを選んでください。
なお、念のため現在のブックマークファイル（bookmarks.html）のバックアップをしっかり取ってから作業してください。
※質問に際しては、フォーラムの利用について 、とりわけ 質問するときは に目を通すことをお勧めします。
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