途中からなので、話の流れを十分に汲み取れていないかもしれません。
なので、もし的外れだったらごめんなさい。

ぼくは、html ファイルのアイコンとして、Mac ユーザーだったときに自作したアイコンを使い続けている変わり者です（苦笑）。
Windows 環境において、拡張子が html や htm のファイルのアイコンを任意のものに変更したい場合について、ぼくの経験をふまえて書きます。（Windows XP SP3）
Windows レジストリの操作については、お約束ながら [color=red][b]At Your Own Risk[/b][/color] です。

拡張子が html や htm のファイルをレジストリから扱う場合（以下、html で代表させます）、
まず、
HKEY_CLASSES_ROOT\.html
に着目します。これは、Windows が認識しているファイルの拡張子（ここでは html）を定義した最も基本となるキーです。
このキーの右ペインにある、[名前] が「（既定）」の [データ] 値を調べます。

　名前　　　　　　種類　　　　　データ
（既定）　　　　 REG_SZ　　[color=blue]XXXXXXXXXX[/color]　　……[b][color=blue]（A）[/color][/b]
Content Type　　REG_SZ　　　text/html
PerceivedType　 REG_SZ　　　text

この値 [color=blue]XXXXXXXXXX[/color] が、拡張子 html のファイルの動作で参照するキーを示しており、ここはブラウザなど html ファイルを扱えるアプリケーション・ソフトのインストール状況によって変化します。
つまり環境によって、FirefoxHTML だったり、SeaMonkeyHTML だったり、Opera.HTML だったり、SafariHTML だったします。
Windows のデフォルトはたしか htmlfile で、Internet Explorer に関連付けられていたはずです。
ここでは仮に MozillaHTML だったとします。

次に、[b][color=blue]（A）[/color][/b]で定義されていた
HKEY_CLASSES_ROOT\MozillaHTML
を探します。　すると配下に次のようなキーがあると思います。
HKEY_CLASSES_ROOT\MozillaHTML\DefaultIcon
このキーの右ペインにある、[名前] が「（既定）」の [データ] 値が、実際に表示されるアイコンの情報です。

　名前　　　　　　種類　　　　　　データ
（既定）　　　　 REG_SZ　　　[color=green]YYYYYYYYYY[/color]　　　……[b][color=green]（B）[/color][/b]

例えば、[color=green]YYYYYYYYYY[/color] は、
C:\Program Files\SeaMonkey\chrome\icons\default\html-file.ico,0
だったり
C:\WINDOWS\system32\mshtml.dll,1
だったりします。

この値を任意に書き換えれば、html ファイルがそのアイコンで表示されます。
ちなみにぼくは、自作アイコンを置いたディレクトリを指定して以下のように書き換えています。
C:\WINDOWS\myIcons\files\html.ico,0

（注意）
[size=100]この書き方ですが、アイコンを取り出すファイルのフルパスの後の「,0」などのカンマ＋数字は、そこまま続けて書きます。
ダブル・クォーテーションでくくったり、スペースを入れる必要はありません。
○　C:\Program Files\SeaMonkey\chrome\icons\default\html-file.ico,0
×　"C:\Program Files\SeaMonkey\chrome\icons\default\html-file.ico",0[/size]

以上の操作は基本的に、Windows の [フォルダオプション] -> [ファイルの種類] から行う操作と同じなのですが、状況によっては思うように結果が反映されない場合があるようです。理由はわかりませんけど......。

【補足１】
ポイントは、上記の[b][color=blue]（A）[/color][/b]と[b][color=green]（B）[/color][/b]の整合性にあると思います。

ブラウザなど html ファイルを扱えるアプリケーション・ソフトの新規インストールや更新、あるいは設定変更などで、html ファイルの関連付けに変更が生じると、[b][color=blue]（A）[/color][/b]が書き換えられます。

通常、同系ブラウザのバージョンアップでは、[b][color=blue]（A）[/color][/b]が書き換わることはないはずなので、[b][color=green]（B）[/color][/b]の定義も変更されることはないはずです。

しかし、もしも[b][color=blue]（A）[/color][/b]の値をユーザーが別のもの[b]（A'）[/b]（例：htmlfile）に書き換えた上で[b][color=green]（B）[/color][/b]の定義を行っていた場合、同系ブラウザのバージョンアップによって[b]（A'）[/b]が[b][color=blue]（A）[/color][/b]に書き戻されるので、[b][color=green]（B）[/color][/b]の定義も変化してしまいます。

また、何度も再インストールをくり返したり、レジストリの手動編集を行っていた場合、どこかでレジストリ情報の整合性が崩れてしまっている可能性も考えられます。

【補足２】
同様に、エクスプローラ上で表示されるファイルの「種類」の名称は、
[b][color=blue]（A）[/color][/b]で定義されていたキー
例えば HKEY_CLASSES_ROOT\MozillaHTML の右ペインにある、
[名前] が「（既定）」の [データ] 値（ZZZZZZZZZZ）を書き換えることで、変更できるはずです。

　名前　　　　　　種類　　　　　　データ
（既定）　　　　 REG_SZ　　　ZZZZZZZZZZ

MS Office がインストールされていることで生じる問題は、MS Office ユーザーではないぼくにはわかりません。
以上、長々と失礼しました。

ご無沙汰しております。
その後SeaMonkey2.0.4に自動アップデートしたところ、やはり以前と同じようにhtmlアイコンが関連づけされていないものに戻ってしまいました。
いろいろ検索すると、レジストリの以下のキーを削除するとアイコンが復活するとの記述を見つけました。

HKEY_CLASSES_ROOT\htmlfile\ShellEx\IconHandler

しかし、これを削除しても結果は変わりませんでした。
そこで、htmlファイルのアイコンに関係しそうなSeaMonkeyのレジストリを探したところ、以下のキーも削除することでアイコンがSeaMonkeyになりました。

HKEY_CLASSES_ROOT\SeaMonkeyHTML\ShellEx\IconHandler

結局のところ、原因は2/22に書き込んだものとは別のところにあったようです。
もし次回のアップデートでこれらのキーがないにもかかわらず同じ現象が起こるとしたら、また手詰まりとなってしまいますが....ｗ

[quote="aides"]当方XP時代にSeaMonkeyアイコンをHTMLファイルに関連付けはしてなく「Firefox」を指定してましたが、Microsoft Office2003を導入してる環境下では正常にFirefoxのアイコンが表示。
関連付けですがフォルダオプションのファイルの種類で実行しても駄目なのでしょうか？[/quote]

残念ながら、この方法ではうまくいきませんでした。
SeaMonkeyのアイコンを指定しても、ダイアログの左上に表示されるアイコンはSeaMonkeyのものになりますが、いくらOKを押したところでアイコンそのものは全く変わりませんでした。

なお、このような現象が起こるのはMS Office XPのようです。
マイクロソフトも、バグとして認識しているようです。

http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;ja;JP417455

以上、ご報告まで。

オフトピとして・・・

上記レジストリを編集して成功するなら可笑しいですね。
当方XP時代にSeaMonkeyアイコンをHTMLファイルに関連付けはしてなく「Firefox」を指定してましたが、Microsoft Office2003を導入してる環境下では正常にFirefoxのアイコンが表示。
関連付けですがフォルダオプションのファイルの種類で実行しても駄目なのでしょうか？
私は此処からFirefoxをHTMLファイル指定で成功しましたが。

OSのアップグレードを実施したと書かれてますが、この際にレジストリの一部が「破損」した可能性は無いのでしょうか？
素朴な疑問ですが・・・

その後Seamonkey 2.0.3日本語版を導入したところ、やはり同じようにhtmlファイルのアイコンが
関連づけされていない状態のものになってしまいました。
1.1.7と全く同じ現象で、アイコンのキャッシュを削除したり、あるいはTweak UIを使ってもダメ。
いろいろ検索したところ、以下のサイトで対処方法が掲載されていました。

プログラミングの丘 - プログラミング Tips
Trouble: HTML ファイルのアイコンが表示されない
http://jet2.u-abel.net/program/tips/htmlicon.htm

これによると、MS Officeが導入された環境だと、レジストリの記述にhtmlファイルのアイコンが
ある場所のパスに""が入ってしまうことで、アイコンが未登録の状態になってしまうとのことです。

HKEY_CLASSES_ROOTCLSID\{42042206-2D85-11D3-8CFF-005004838597}\Old Icon\htmlfile\DefaultIcon

の内容にある""を削除すれば、アイコンのある場所のパスが生きてhtmlファイルのアイコンが
表示されるようになりました。

以上、ご参考まで。

その後の経過報告です。

実は、以前にNC4.5→NN6.2→Mozilla1.7とインストールしており、NC4.5時代にhtmlの
アイコンがNC4.5のexeファイルと同じになってしまい、ここでアイコンの設定を変えてみました。
しかしながら、そのときはいくらやってもアイコンは変わらず、アイコンの変更をあきらめました。

その後NN6.0→Mozilla1.7では何の問題もなかったのですが、SM1.1にして再びアイコンが
おかしくなってしまいました。
そこで、上記のレスのようにして何とかなったところですが、やはりデフォルトのブラウザがIEに
なってしまうので、SM1.1を一度削除し、改めてレジストリをいじることにしました。

すると、NC4.5とNN6.2のexeファイルの記述がまだ残っており、これを片っ端から削除。
その後にSM1.1を再度インストールすると、htmlにSMのアイコンを関連付けすることができました。
ただし、ファイルの種類は「Mozilla Hypertext Markup Language」ではなく、やはりIEの
「HTML Document」と表示されます。

以上、ご報告まで。

tooyama様、早速のご返事ありがとうございます。

[quote="tooyama"]一度、IEを標準にして再起動して、SeaMonkeyを起動して設定画面を開き、「既定の設定」を[既定のブラウザに設定する]を押してOKしても駄目ですか?[/quote]
残念ながら、この方法ではダメでした。
どうも、規定のブラウザに設定するとアイコンがおかしくなるようです。
しかしながら、
[quote="nkr"]ちなみに、SeaMonkeyのシステム設定にあるhtmlへの関連づけを解除し、そのあと
エクスプローラのツール→フォルダオプションのファイルの種類で、「開く」のコマンドを手動で
SeaMonkeyに関連づけさせると、ひとまずIEのアイコンでhtmlが表示されるようになります。[/quote]
これを行ったあとに一度SeaMonkeyを削除、再インストールして再びSeaMonkeyの
システム設定にあるhtmlの関連づけを解除すると、今度はSeaMonkeyのアイコンになりました。
ただし、ファイルの種類は「Mozilla Hypertext Markup Language」ではなく、IEの「HTML
Document」と表示されます。

とりあえずはこの状態で様子を見ようと思います。

[quote="tooyama"]ちなみにMozilla 1.7.12、SeaMonkey 1.1.7はともにインストーラ版の日本語版ですか？[/quote]
はい、どちらも日本語インストーラー版です。

[quote="nkr"]これまでMozilla 1.7.12を使用していたのですが、一度削除の上新たにSeaMonkey 1.1.7を
インストールしました。
[/quote]
ちなみにMozilla 1.7.12、SeaMonkey 1.1.7はともにインストーラ版の日本語版ですか？

一度、IEを標準にして再起動して、SeaMonkeyを起動して設定画面を開き、「既定の設定」を[既定のブラウザに設定する]を押してOKしても駄目ですか?

これまでMozilla 1.7.12を使用していたのですが、一度削除の上新たにSeaMonkey 1.1.7を
インストールしました。
すると、htmlファイルのアイコンはMozillaのままだったので、IconCache.dbを削除して再起動
したところ、アイコンがWin標準のもの（関連づけされていない状態のもの）になってしまいました。
元々WinMEからXP SP2にUGしたので、念のためShellIconCacheも削除しました。
ところが、IconCache.dbは再起動しても復活せず、なくなったままです。

関連づけそのものはSeaMonkeyになされているので問題ないのですが、アイコンだけがWin
標準のままになってしまいました。
エクスプローラのツール→フォルダオプションのファイルの種類で、htmとhtmlのアイコンを
SeaMonkeyのもの（C:\Program Files\mozilla.org\SeaMonkey\chrome\icons\default\
html-file.ico）に指定しても、結果はWin標準のまま。

そこでレジストリのHKEY_CLASSES_ROOT\htmlfile\DefaultIconのキーを、

"C:\Program Files\mozilla.org\SeaMonkey\chrome\icons\default\html-file.ico",0

と入力しみましたが、結果は同じです。

ちなみに、SeaMonkeyのシステム設定にあるhtmlへの関連づけを解除し、そのあと
エクスプローラのツール→フォルダオプションのファイルの種類で、「開く」のコマンドを手動で
SeaMonkeyに関連づけさせると、ひとまずIEのアイコンでhtmlが表示されるようになります。
どうも、SeaMonkey側で関連づけさせるとWin標準のアイコンになってしまうようです。

どうすればSeaMonkeyのアイコンをhtmlに関連づけできるのでしょうか？