ご回答いただきありがとうございます。

Snow LeopardもThunderbird3も、リリースからまだあまり日数が経っていないので、未解決の問題もたくさんあるのですね。
アップデート(3.1は4月頃でしたか)を待ちたいと思います。

起動時にメインウィンドウがバックグラウンドになってしまう問題はこれですね。
Bug 534683 - Thunderbird launches with main window in background under Snow Leopard
Firefox でも一時期発生していた Bug 510740 の依存バグではないかとのことですが、修正は未だされていません。設定などでは回避不可能でしょうから、修正を待たないといけないでしょうね。
ちなみに次期 Thunderbird の開発版 Lanikai 3.1b1pre でも再現します。

最近使った項目に growlRegDict が表示されるのは Snow Leopard 環境でのみ発生するようです。
該当しそうな Bug を見つけていないため、これが Thunderbird 側の問題なのか分かりませんが、Lanikai 3.1b1pre では表示されなくなっているので、もしかしたらアップデートで修正されるかもしれません。が、たぶん Thunderbird 3.1 のリリースを待つしかないかもしれません。
私は「最近使用した項目」をこまめに消す方なので、気にしていませんが

Mac OS X v10.6.2 で Thunderbird 3.0.1 を使用しております。
また、Growl 1.2 を導入しております。

Thunderbirdを起動すると、Thunderbirdのウィンドウが他に開いているウィンドウに隠れて、いちばん後ろで開いてしまいます(というより非アクティブウィンドウとして開く。他にウィンドウを1つも開いていないときもアクティブになっていない)。
と同時に、毎回ではないのですが、「最近使った項目」の中に「Thunderbird-(ランダムな英数字).growlRegDict」というファイルが追加されます。
Firefoxなど、Growlを利用する他のアプリではこのようなことは特に起こっておりません。
どのようにすれば解消できるか、ご教示いただければ幸いです。

なお、当方、先日までMac OS X v10.5.8にてThunderbird 3.0.1を使用しておりましたが、それまではこのような現象は発生しておりませんでした。
Snow Leopard導入にあたってはシステムをクリーンインストールし、Thunderbirdについても新たにプロファイルを作成したのですが、かかる症状に遭遇してしまいました。

Thunderbird3については、他にもメッセージ新着時にDockアイコンがバウンドしない、システムの警告音が鳴らないなどの不具合もあるのですが、それらについては他にトピックが立っているようなので、こちらではお聞きしません。

よろしくお願いします。