当方の環境でも再現します。
Windows XP SP3、Thunderbird 3.0.1 日本語版

Ctrl + Shift + C は Lightning のカレンダーをタブで開く操作に変更となったようです。
フォルダ内の未読メッセージをすべて既読にするにはとりあえず Shift + C で OK の
ようです。

尚、以下のバグがファイルされていますので参考にしてみてください。
"Bug 505569 – Mark As Read and Mark All As Read non-Latin problem (Ctrl+Shift+key doesn't work)"
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=505569

　
[余談]
以下のアドオンで代役できます。
"Mark All Read Button :: Add-ons for Thunderbird"
https://addons.mozilla.org/ja/thunderbird/addon/2273
　
バージョン番号は正確に。
3.0ｘ > 3.0.x or 3.0.1　　2.ｘｘｘｘ > 2.x.x.x or 2.0.0.23
　
いくつか未対応の古いバージョンのアドオンをお使いですね。
　

【質問（具体的に）】
3.0x使用時にショートカットキー（全てを既読とする）が効かない

2.ｘｘｘｘシリーズではCtrl+Shift+Cで全てを既読とする　のショートカットができたのですが3.0ｘにしたところ、上記のショートカットができなくなりました。

Thunderbirdサポートページのリファレンス - キーボードショートカット
http://mozilla.jp/support/thunderbird/references/keyboard
では　Ctrl+Shift+Jに割り当てられているようですが、そのショートカットでも全て既読　にはなりませんでした。

3.0ｘで2.ｘｘｘｘと同じような動作をさせる方法はないのでしょうか。なんらかの設定をいじくる　でも構いません。

ちなみに導入している拡張を全て無効にしてみても駄目でした。
また、本体は2.ｘｘｘからの上書き、新規インストール両方を試してみました。

【Thunderbirdのバージョン】
　・ 3.01
【導入している拡張とそのバージョン】

拡張機能（有効）: [11]
- Disable DragAndDrop (Thunderbird) 1.0.1　　- Everyday 1.0　　- MagicSLR 2.0
- MR Tech Toolkit 6.0.4　　- Quicktext 0.9.9.9　　- Quote Colors 0.3
- Remove Duplicate Messages (Alternate) 0.3.3　　- Rulerrrrr 1.2　　- Signature Editor 1.2
- WebMail 1.3.5　　- WebMail - Hotmail 1.2.24

拡張機能（無効）: [3]
- Folderpane Tools 0.0.5.1　　- Mnenhy 0.7.5　　- Translation Panel 1.4.14.5

【使用しているテーマ】　　- Default: http://www.mozilla.org/
【OSの種類】 　　　 Vista sp2