自己レスで、恐れ入ります。

下記、方法で対応できました。
http://forums.mozillazine.jp/viewtopic. ... 8%E5%8E%BB

お騒がせしました。

ランダムにフォルダが消えてしまい、困っています。
１
　通常使用していて、起動時に振り分けをしてきたフォルダ（ＲＳＳも含め）が一部表示されなくなりました。
２
　ただし、メールの送受信はできていて、表示されていなかったフォルダに振り分けられるようなメールを受信すると、表示されていなかったフォルダが表示されたりもします。
３
　プロファイルフォルダ内には、メールデータは保管されています。
　（フォルダ名、適切なデータサイズともにありました）
４
　過去のフォーラム記事に掲載されていた
　・ゴミ箱/迷惑メールフォルダの消去＋フォルダ最適化
　・localstore.rdf の再生成
　といった対応は試行してみましたが、状況に変化はありませんでした。
５
　以下がＰＣ環境です。

　　・Windows XP SP2
　　・Firefox 2.0.0.13
　　・Thunderbird: 2.0.0.12