迷惑メッセージフィルタと通常のメッセージフィルタは適用される動作順序が仕様として
決まっています。
順序は、
1.通常のメッセージフィルタ
2.迷惑（スパム）メッセージフィルタ
です。

参照：[url=http://www.mozilla-japan.org/mailnews/spam-faq.html]Mozilla スパムフィルタ機能 FAQ[/url]

また、フィルタは設定された上位から適用される仕様です。
この仕様（特性）をうまく利用して組み合わせたらうまくいくかも知れません。

[quote="angel"]受信したメールをフィルターで振り分けて、必要なメールだけ他の端末(特定のアドレス)
に転送するとしたいのですが、可能でしょうか。[/quote]レスがつきませんね。Thunderbird単体では難しいのでしょうか。

例えば、POPFILEなどのようなプロキシタイプのスパムフィルタを使用して、Thunderbirdの手前でスパムをブロックしてしまうという方法もあります。
POPFILEの場合はスパムのバケツに放り込んだメールはメールソフトに渡さないという設定が可能です。

私の場合はPOPFILEで確認した結果すべてをThunderbirdに取り込んで、POPFILEが付加したヘッダをフィルタで判定して迷惑メールのフラグを付けて迷惑メールフォルダに移動させています。
フィルタ定義の順序の設定などによっては全てThunderbirdに取り込んでしまっても必要なメールだけの転送も可能だと思います。

http://getpopfile.org/docs/JP:FAQ

はじめまして。

会社の共用端末の特定アドレスにてメールを受けていますが、露出されたアドレスであるために
迷惑メールが多く入ってきます。

そこで、受信したメールをフィルターで振り分けて、必要なメールだけ他の端末(特定のアドレス)
に転送するとしたいのですが、可能でしょうか。
現在は共有端末では迷惑メールマークが付くのですが、全てが他端末(特定アドレス)に転送
されてしまいます。

可能な場合に、その方法をご教授ください。

ＯＳ：XP
TB：バージョン 2.0.0.12