プロファイルをそのままコピーしたのであれば、メッセージの保存先が以前のフォルダのままになっていると思います。
ツール > アカウント設定 > サーバ設定
を開き、一番下の [メッセージの保存先] を設定しなおしてください。(参照ボタンをクリック。)
複数のアカウントがある場合は、それぞれ設定しなおしてください。
# ウェブ上に投稿するときは半角カナ、丸付き数字などの機種依存文字の使用はお控えください。
# Windows 以外の環境で文字化けします。
追記:
TYSR さんが書きました:
メッセージの保存先として、C:¥users¥〔ユーザー名〕¥documents and settings¥Application Data¥thunderbird¥profiles¥xxxxxxxx.default
にしています。
上記の設定をすでに行っているのであれば、まず、プロファイルフォルダを開いてメッセージのデータがあるかどうか確認してみてください。
*.msf が要約ファイル、拡張子なしのファイルがメッセージデータ本体です。