助言ありがとうございました。
自動最適化の設定も追加しておきました。
これで、安心して使えます。
ありがとうございました。

最適化は自動で出来ますので、再発防止のため以下設定をされてはどうでしょうか。

[ツール] -> [オプション] -> [詳細] の [ネットワークとディスク領域] で
[ディスク領域] にチェックを入れて任意の値 (デフォは100KB、通常はこのままで良いと思います。)を
入力して OK します。

すいません、解決しました。
このフォーラム内を「受信」で検索してたのですが、もうちょっと詳しく探してみましたら、
http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=5885
に同じような症状が載っており、さらにその中の
http://level.s69.xrea.com/mozilla/index.cgi?id=MessageDelete
に分り易く書いていました。
削除しても、「削除しました flag」が立つだけで削除されてないのですね。
私の実施した解決方法は
「ファイル」->「フォルダを最適化」です。
これで、4.2GB あった Inbox が 8MB まで小さくなりました。

以上です。

[quote="たく"] 私は常に受信トレイは 50通くらい残っていますが、基本的に各 folder に振り分けています。
現在は、100通ある状態です。
しかし、Documents and Settings\user_name\Application Data\Profiles\xxxxxxxx\Mail\mail.domain\Inbox が
4.2GB になっています。(C: dorive の空き容量は 54.3GB あります)
過去の backup した file を見ますと、4GB 弱なのですが、この時の方が受信トレイには倍ほど mail が存在していました。[/quote]
まずは以下をリンク先を参照ください。
トピ内のリンク先もよく読んでくださいね。
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=6210]Thunderbird　のメール・添付ファイル最大保持容量はどのくらいでしょう？[/url]

[quote="たく"]もしかしたら、Inbox は受信トレイの中身とは関係なくどんどん大きくなってしまうのでしょうか？[/quote]
最適化を定期的に実施していないと、受信トレイはどんどん肥大化します。
あなたが、受信トレイからメールを削除しても、そのメールに削除したというフラグが付いて
Thhunderbird 上で見えないだけで実際には受信トレイから削除されていません。
最適化をしてあげると削除したというフラグが付いているメールを受信トレイのファイルから
削除してくれます。
かなりのサイズに肥大化してますので、最適化が完了するまで時間が掛かると思われます。
[ツール] -> [アカウント] -> [サーバ設定] で以下3項目のチェックを
外してから最適化を行って下さい。

新着メッセージがないか起動時に確認する
新着メッセージがないかxx分ごとに確認する
新着メッセージを自動的にダウンロードする

受信トレイを最適化するには、受信トレイを選択して右クリック、
右クリックのメニューから最適化をクリック。

# 最適化に関する記述はこのフォーラムでも沢山出てきています。
# 最適化は必須のメンテナンスと考えて下さい。

以下オフトピです。
メールファイル形式の相違はありますが、多くの方が使っているであろう
OE ( Outlook Express )も最適化という操作あります。
以下などが参考になるかと。
[url=http://ymwatson.com/oe/saitekika.htm]OE：メッセージを最適化する[/url]

2007年8月29日(水) 12:39 に momo さんが投稿している「受信できませんorz」と全く同じ現象なのですが、解決してないようなので再度投稿させていただきます。

下記のエラーが出てメッセージ受信できません。

--ここから
受信トレイ　フォルダが一杯で、これ以上メッセージを保存できません。メッセージを保存する領域を空けるには、古くて不要なメッセージを削除するか、フォルダを最適化してください。
--ここまで

私も、大変困っております。
重要な mail が来ているようなのですが、それに対して返信ができません。

私は常に受信トレイは 50通くらい残っていますが、基本的に各 folder に振り分けています。
現在は、100通ある状態です。
しかし、Documents and Settings\user_name\Application Data\Profiles\xxxxxxxx\Mail\mail.domain\Inbox が
4.2GB になっています。(C: dorive の空き容量は 54.3GB あります)
過去の backup した file を見ますと、4GB 弱なのですが、この時の方が受信トレイには倍ほど mail が存在していました。
もしかしたら、Inbox は受信トレイの中身とは関係なくどんどん大きくなってしまうのでしょうか？
それとも何か変な設定をしているとか・・・・。
先程、Inbox.msl を削除し(正確には rename)、再構築しましたが、結果は同じでした。
せめて、受信トレイの添付されている file を「名前を付けて保存」し、その後添付 file を削除しましたが、Inbox の容量は変わりません。

誰か何か分かる方がいましたら、早急に教えてください。
よろしくお願い致します。

OS: Windows XP
Thunderbird: 2.0.0.6 で現象が発生し、2.0.0.9 に version up しましたが、解決しませんでした。