環境について不足がありましたので追記します。
--- 環境 ----
使用しているThunderbird：
　Thunderbird 2.0.0.9
使用している拡張機能・テーマ：
　無し
使用しているOS：
　Windows XP Professional SP2
使用しているウィルスチェッカ：
　Virus Baster 2008
使用しているファイアウォール：
　Virus Baster 2008（迷惑メールフィルタ機能は使用していません）

私は、基本的にヘッダだけPOPサーバーから取得し、
後からメッセージ本文を落として使用しています。

最近メッセージフィルタにて、「POPサーバーから本文を取得する」を追加したところ、
メール受信時にステータスバーには受信したとのメッセージが出たのですが、
受信トレイには何も入っていませんでした。

おまけに、POPサーバーにメッセージを残しておく設定にも関わらず、
二度とダウンロードできません。
どうやら「メッセージをPOPサーバーから削除する」と同じ動作のような気がします。

「POPサーバーから本文を取得する」を削除すると以前と同様に動作します。
これはバグでなのでしょうか？

環境はThunderbird 2.0.0.9です。