OS や Thunderbird の設定明示がありませんので
以下、該当する自身の環境で判断して下さい。
ファイル操作は Thunderbird を停止した状態で行ってください。
作業にあたってはプロファイルのバックアップもお忘れなく。

[url=http://www.mozilla-japan.org/support/thunderbird/profile#locate]Thunderbird Help: プロファイルの管理-プロファイルフォルダの場所を探す[/url]に示されている
xxxxxxxx.default フォルダの中に Mail フォルダがあります。
このMailフォルダを開くと Local Folders フォルダとあなたのアカウントのフォルダがあります。
問題が生じているのが Thunderbird 上でのローカルフォルダ内のツリーなら
上記の Local Folders フォルダを開き「その消えないフォルダ名」の拡張子の無いファイルと
「その消えないフォルダ名」に .msf と言う拡張子の付いたファイルを
ディスクトップなどに移動するか削除して Thunderbird 再起動。

問題が生じているのが Thunderbird 上でのあなたのアカウントのフォルダ内のツリーなら
上記のあなたのアカウントのフォルダを開き「その消えないフォルダ名」の拡張子の無いファイルと
「その消えないフォルダ名」に .msf と言う拡張子の付いたファイルを
ディスクトップなどに移動するか削除して Thunderbird 再起動。

[quote="neko"]要約ファイルを作成中にフォルダをゴミ箱に移し、ゴミ箱を空にし、最適化しても、再起動するとフォルダは元に戻っています。
[/quote]Thunderbir が何らかの動作中に他の動作を行うと、
構成ファイルの破損などによる不具合が発生する事があります。

OS 種類、Thunderbird のバージョンとローカルフォルダに受信する設定か
個別のアカウントで受信する設定かなど出来るだけ詳しく自身の環境を書いて下さい。
投稿する前のお約束事が各コーナーのトップに置いてありますので一読下さい。
以下にリンクを貼っておきます。

[url=http://mozillazine.jp/forums/viewtopic.php?t=6010]フォーラムの利用について [投稿する前にお読みください][/url]

左側のツリー表示されているフォルダを間違ってドラッグしてコピーを作成してしまいました。
そのフォルダは必要ないので削除したいのですが、そのフォルダをクリックすると要約ファイルを作成し始めてしまい、とても時間がかかっています（コピー元フォルダには7000通くらいのメールが入っています）。
そのまま放っておくと「応答なし」になるので再起動しますが、フォルダはそのままになります。
要約ファイルを作成中にフォルダをゴミ箱に移し、ゴミ箱を空にし、最適化しても、再起動するとフォルダは元に戻っています。
どのようにしたら消すことができるのでしょうか。