アップグレード後に「xxが出来なくなった」と言うケースの多くはアドオン関係の未対応などが原因の場合が考えられます。
以下を参考に、まずはThunderbirdのセーフモードで発生するかどうかを確認下さい。

不具合診断チャート - もじら組 Wiki
http://wiki.mozilla.gr.jp/wiki.cgi?page=%C9%D4%B6%F1%B9%E7%BF%C7%C3%C7%A5%C1%A5%E3%A1%BC%A5%C8

Mac OS X でThunderbirdをセーフモードで起動するには、ターミナルを開いて以下のコマンドを実行してください。

cd /applications/Thunderbird.app/Contents/MacOS/
./thunderbird-bin -safe-mode

私は OSX10.4.9 を使用していますが、規定のブラウザをFirefoxに設定してあればFirefoxで、
Safariに設定してあればSafariで、シイラに設定してあればシイラで、Thunderbirdからのリンクを開いてくれます。
現在使用しているThunderbirdのバージョンは2.0.0.0で、1.5.0.10からのアップグレードになります。

過去の類似事例です、こちらもご参考にどうぞ。

メール本文中のURLに移動したい！
http://mozillazine.jp/forums/viewtopic.php?p=1343

最近、thunderbird 2.0へアップグレードしましたが、1.5では問題なかったのですが、メール本文内のリンクをクリックしてもブラウザが起動せず、わざわざリンクをコピーペーストしなければならないじょうたいです。
Windowsの場合の対策は、ナレッジスペースに出ているのですが、マックの場合の対策が表示されていません。
だれかご存じありませんか？

よろしくお願いします。