既定フォルダの名前は言語リソースのレベルで決まっているのでuser.jsなどからは手が出せません。
おそらくrn1rn0さんがやられているようにmessenger.propertiesをいじるしかないと思います。

環境:WindowsXP SP2, Thunderbird 1.0.7

既定フォルダ名の変更（例えば｢未送信メッセージ｣を｢未送信｣や，｢送信済みトレイ｣を｢送信済｣）をしたいと思っています．
user.js, userChrome.css, userContent.cssの内，userChrome.cssを編集すればできると思っています．
そこで，
(1)既定フォルダ名の変更はuserChrome.cssを編集することでできるのか？
(2)もしできるのであれば，どのような記述をすればいいのか？
の2点についてコメントをいただきたいです．
いまのところ，messenger.propertiesを編集して対応しております（Mozilla Thunderbird\chrome\ja-JP-mail.jarを解凍して，locale\messenger\messenger.properties）．