状況がイマイチ良く分かりませんが・・・以下ご参考。
途中でシャットしたと言う事なので.msfファイル(インデックスファイル)が壊れたのかも知れません。
プロファイルフォルダ内のMailフォルダ->「あなたのアカウント」フォルダ内にある
.msfの拡張子があるファイルを削除した後、Tunderbirdを再起動してみて下さい。
(.msfファイルは再起動後に再作成されます。)
プロファイルフォルダの場所は以下を参照下さい。
http://www.mozilla-japan.org/jp/l10n/fa ... rofile_dir