こんにちは。

情報が少ないのであくまでも推測です。

[quote]先日までは全く問題なく使用していたのですが、
原因不明のエラーが出てから、おかしくなりました。[/quote]
どんなエラーだったのでしょう。

[quote]１．エラーが出た後、受信トレイ内のメールが全て消えていました。
いろいろと調べて、アカウント設定に原因があったようなので
プロファイルを手動で設定し直して、とりあえずは解決を
したのですが、その後、起動時にかなりの時間がかかります。[/quote]
どれくらいの時間がかかるのでしょう。
エラー前はどのくらいの時間で起動できたのでしょう。
拡張機能やテーマは入れていますか。
Thunderbird のセーフモードで起動したらどのくらいですか。
アカウント設定を変更又は修正されたようですが、どのようにされたのでしょう。
プロファイルを手動でどのように設定し直されたのでしょう。

受信したメールを受信トレイにどっさり溜めておくのは避けたほうがよろしいかと
思います。
万が一の際にトラブルを低くするためにもいくつかのフォルダの振り分けしておく
のがいいと思います。
また、フォルダの圧縮（最適化）を定期的におこなってゴミ掃除をしておくのもお勧
めです。

参照：
Mozilla Japan ナレッジベース - メールのデータベースを再構築するには
http://www.mozilla-japan.org/kb/solution/3041
Tips：えむもじら　"メッセージフォルダの圧縮 (Compact Folders)"
http://level.s69.xrea.com/mozilla/tips.html#compact_this_folder

[quote]２．プロファイル設定した際、別のアカウントで受信してしまった
メール数通が行方不明です。ブロファイルフォルダにたどり着き、
その中を探してみたのですが、見つかりません・・。[/quote]
プロファイル設定をする前に受信したメールですか。
その後に受信したメールですか。
別のアカウントは削除しましたか。変更しましたか。
フィルタは設定していますか。
行方不明のメールに何か共通した物はありますか。
他のメールソフトで受信した場合、行方不明のメールはどうでしょう。
（他のメールソフトで併用して受信していた場合ですが）

参照：
"メールが消えた"
http://homepage2.nifty.com/huruha/DisappearingMail.html
"アンチウイルスソフト"
http://homepage2.nifty.com/huruha/AntivirusSoftware.html
"共通受信トレイ"
http://homepage2.nifty.com/huruha/Global_Inbox.html
Mozilla Thunderbird - 共通受信トレイ
http://www.mozilla-japan.org/products/thunderbird/global-inbox.html

今年から異動をきっかけに、TBをメールクライアントとして
愛用しております。（PCは前任者の物で、設定を変更して使用。）

先日までは全く問題なく使用していたのですが、
原因不明のエラーが出てから、おかしくなりました。

１．エラーが出た後、受信トレイ内のメールが全て消えていました。
いろいろと調べて、アカウント設定に原因があったようなので
プロファイルを手動で設定し直して、とりあえずは解決を
したのですが、その後、起動時にかなりの時間がかかります。

２．プロファイル設定した際、別のアカウントで受信してしまった
メール数通が行方不明です。ブロファイルフォルダにたどり着き、
その中を探してみたのですが、見つかりません・・。

どなたか、ご教示下さい！！

OSはWINxpです。TBのバージョンは、先日のエラーを機に
1.07にupしました。