[quote="c.takahara"]thunderbirdのメールソフト側が起因していると踏んでおりましたが、
メールサーバー側に問題があるのでしょうか。[/quote]
それはわかりません。
最初の投稿ではアカウントやサーバーに関して情報がありませんでした。
Thunderbird側では何もしていないはずなのにフォルダー移動する、ということですから、まずIMAPのフォルダー同期を疑います。
そのうえで可能性を（「であれば」です）指摘したまでで、こちらはそちらの状況についてほとんど知りませんので現時点ではわかりません。

[quote="c.takahara"]メールサーバー側では迷惑メールフィルターを使用しておらず、[/quote]
念の為確認ですが、これは間違いないでしょうか。

[quote="c.takahara"]「このアカウントで迷惑メールの制御を有効にする」 のチェックは外してる[/quote]
それは、「アカウント設定＞迷惑メール」の「このアカウントで迷惑メールの[b]学習[/b]を有効にする」のことで、問題現象が起きる前からチェック外していたのでしょうか。

また、以下の設定についてはどうでしょうか。
同じ画面の[list]
[*]次の迷惑メールヘッダーを信用する
[*]迷惑メールと判断された受信メッセージを次のフォルダーに移動する[/list]
設定＞プライバシーとセキュリティ[list]
[*]迷惑マークが付いたときに次の処理を移動する[/list]

メッセージフィルターを使用していないでしょうか。
使用していましたら、フィルタールールに迷惑メールに関係するものがないか確認してみてください。

EarlgreyTea様

ご返信ありがとうございます。
EarlgreyTea様が仰る通り、IMAPを使用しております。

メールサーバー側では迷惑メールフィルターを使用しておらず、
該当のメールはウェブメールも迷惑メールではなく受信ボックスに入っていました。

thunderbirdのメールソフト側が起因していると踏んでおりましたが、
メールサーバー側に問題があるのでしょうか。

c.takahara さん、EarlgreyTea と申します。

IMAPアカウントを利用されているのではないでしょうか。
IMAPではサーバー上のフォルダーと同期しますので、サーバー側が迷惑メール処理をしているのであればそちらで対処する必要があると思います。

今まで受信ボックスに入っていた特定の方のメールが、迷惑メールボックスに入るようになった。受信ボックスに戻しても、時間が経つと迷惑メールボックスに戻ってしまう。

「このアカウントで迷惑メールの制御を有効にする」 のチェックは外してる
また、惑メール学習データをリセットもしているが、解決していない