今回の事案は、ここに見つかりました。
[url=https://blog.thunderbird.net/2025/05/thunderbird-monthly-development-digest-april-2025/]Development：Thunderbird Monthly Developer Digest – April 2025[/url]
New Features Landing Soon（まもなく、新機能が着地します）
● and many more in the [url=https://www.thunderbird.net/en-US/thunderbird/139.0beta/releasenotes/]release notes for beta[/url].

Thunderbird Desktop
Version 139.0beta | Released April 30, 2025
What’s Fixed（修正されたもの）
✔ fixed：Dark mode messages displayed in light mode due to preference setting conflict（優先設定の競合により、ライトモードで表示されるダークモードメッセージ）
[url=https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=1959691]1959691[/url]
Bug 1959691：In dark mode, mail list dark, but opened mail is not.
（ダークモードでは、メール一覧は Dark になるが、開いたメールは Dark にならない。）
Status:RESOLVED FIXED（修正が解決済み）
Milestone:139 Branch

これらの記事に依れば、
バージョン 139 以前で、Dark テーマを利用時には「手動」で切り替えが必要のようです。
該当の記事は見つかりましたが、
一般的なユーザーには「場違い」で辿り着くことが困難でしょう。
一般的なユーザーの存在を優先した「予告や通知」の必要性を痛感しました。

追記：
（お任せになる）自動更新に依って、
（Dark テーマを選択時に、メッセージペインが真っ黒けになり）実用に支障が出るような「新機能」が、
何等の予告や通知もなく、
いきなり、一般的な通常版（Thunderbird release）で「適用」される手法は、
一般的なユーザーにとっては対処に戸惑うことが必定で、乱暴ではないかと感じた。
本来ならば、
[url=https://www.thunderbird.net/en-US/thunderbird/releases/]公式のリリースノート[/url]には明記されるべきだし、
「該当するユーザーに予告される」ようになることが望ましい。
以上、被験者の愚痴です。

レアケースとは言え、
今後に同様な（予告や通知なしで「新機能」を追加し）ユーザーが意図せぬ不測の事態が起こり得ないとは思えないので、
少なくとも偶発的で（ハウツーで対処できる）単純な事故での問題解決を図る手段として：
ユーザーが、[url=https://forums.mozillazine.jp/index.php]当フォーラム[/url]などで経験則（「Settings」の確認）を共有されると良いようです。

蛇足ですが、
[url=https://blog.thunderbird.net/]公式ブログ[/url]をサラッとチラ見したところ、
積年の課題になっていた[url=https://blog.thunderbird.net/2025/05/thunderbird-monthly-development-digest-april-2025/]「Manual folder sorting」[/url]が、[url=https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=1846550]139でネイティブ実装化される[/url]ようです。

情報共有としての投稿です。

Thunderbird release が
バージョン 138 から 138.0.1 に自動更新されての起動後に、
「メッセージペイン」が真っ黒けになって読めなくなってしまった。
拡張機能のテーマは、Dark を利用していた。

Settings ＞ General に、
新たな項目が追加されていた。
Message reader style [EXPERIMENTAL]
（和訳：メッセージリーダースタイル [実験的]）
https://i.imgur.com/ENp0ca3.png
そこを「有効」にすると、

メッセージペインの上部に、
「dark message mode」のトグル（Enable/Disable）が表示されるので、
そのトグルで（ Light スタイル or Dark スタイル）切り替えが可能になります。
https://i.imgur.com/MNUg4sV.png
それらの新機能が追加されたことで「Dark」モードが適切に機能することを確認しました。
そうは言っても EXPERIMENTAL（実験的）との但し書きなので...