[quote="jnino"]- アカウントは OWA で、Addon("Exchange用のフクロウ")を使って送受信しています。[/quote]
これは全く想定外でした。
とても重要な情報で件名に入れておいて欲しかったくらいです。
アカウントがPOPでもIMAPでもなくて、「OWA powered by Exchange用のフクロウ(Owl for Exchange)」とでも言うべきものだったわけなので。

このメールアカウントに関しての知見は私にはありません。
（アカウント設定がどうなっているかとか、どういう挙動をするものなのか全くわかりません）
こちらでテストして調べることも不可能です。
「Exchange用のフクロウ」利用者のご登場を待つか、 https://www.beonex.com/owl/ に英語で問い合わせが必要になってくるかもしれません。

[quote="jnino"]手動でメール受信を操作をするか、受信フォルダを開き直さないと、メール一覧が
更新されません。[/quote]
「手動でメール受信を操作する」とメッセージリストの更新に問題ないというのは新情報です。
では手動で操作しない場合の新着メールの受信はどのように行われるのでしょう。
IMAPアカウントと同じ感じ（自動で定期的にメールチェックしたり、サーバからのPUSH通知）なのでしょうか。

[quote="jnino"]ただ、この現象が起きるときと起きない(正常動作する)ときがあり[/quote]
問題の現象の発生頻度を知っておく必要があります。
例えば1日運用していたらn回は発生するという目安です。
それがわからないと、これからなにか試した際に違いが評価できないからです。

その発生頻度を踏まえた上で
[quote="jnino"]- フォルダーの修復については実施したことが無かったので、実施してみました。
結果確認はこれからになります。[/quote]を評価していただくとよろしいかと思います。

それで解消が見られなかった場合は、私ならプロファイル依存なのかを見極めるでしょう。
すなわち、新しいプロファイルを作ってそれにアカウントを設定し、そこで現象が再現するかを調べます。
そこでも現象が再現しましたら、プロファイル依存ではないということになります。

次に Thunderbird のバージョンによる違いがあるかを調べるでしょう。

EarlgreyTea さん

返信ありがとうございます。勝手がわかっておらず、情報不足で申し訳ないです。
事象としてはご認識の通りです。
サーバへの接続はできていると思われる(メールの数は更新されるので)のですが、
手動でメール受信を操作をするか、受信フォルダを開き直さないと、メール一覧が
更新されません。 ただ、この現象が起きるときと起きない(正常動作する)ときがあり
困っている状況です。

ご指摘頂いた情報を追加いたしますと、
- アカウントは OWA で、Addon("Exchange用のフクロウ")を使って送受信しています。
- メッセージ格納形式は mboxで、 サイズは 1.4GBくらいまで膨れています。
- フォルダーの修復については実施したことが無かったので、実施してみました。
結果確認はこれからになります。

以上です。

jnino さん、EarlgreyTea と申します。
出先のスマホにつき簡単にコメントいたします。

受信トレイを開き直さないとメッセージリストに新着メールが表示されない場合がある、ということになりますでしょうか。

アカウントがPOPなのかIMAPなのか、メッセージ格納形式がmboxかmaildirか、受信トレイのサイズはどれくらいか…等によって状況は変わると思います。
そういう情報を出しておいたほうがいいと思います。

ちなみに、受信トレイのプロパティから「フォルダーを修復」は試されましたでしょうか。

OS:Windows 10
TB: 128.6.0esr

新規メールを TBとしては認識できている (フォルダペインの "受信トレイ" の 右に 新規メールの数が表示されている状態)のに、 メッセージ一覧にそのメールが出てこない現象がおきます。
フォルダペインにある、他のフォルダを見たあと、受信トレイに戻ると更新され、新規メールが一覧に表示されます。
この現象が出たり出なかったりしており、何がトリガなのかが掴めません。
同じ現象に遭遇されている方、なにか解決策をお持ち方、アドバイスください。