ykmr.ku さん、EarlgreyTea と申します。

[quote="ykmr.ku"]spamフォルダを選択して右クリック→ごみ箱を空にするを選択したところ、
なぜか受信フォルダに入っていたメールがすべて消えてしまいました。
（中略）
ウェブメール（さくら）でも確認しましたが、thunderbirdと同様に
受信トレイからメールはすべて消えていました。

設定はIMAPです。
thunderbirdのバージョンは128.5.0esrです。[/quote]
文脈からすると右クリックから選択したのは「迷惑メールフォルダーを空にする」ということでよろしいでしょうか。
IMAPでサーバー側の受信トレイでもメールが消失していたとなると、
バックアップがあればよいですが、無ければ…残念ですが消失したメールの復元は無理でしょうね。

[quote="ykmr.ku"]調べたところYahoo知恵袋では似たようなトラブルを投稿していた方を見かけました。[/quote]
特殊フォルダーに対して「XXX を空にする」のメニューコマンドを選択したら受信トレイのメールが消失したという点は共通ですね。

[quote="ykmr.ku"]私の不手際でしかないのであれば諦めますが、[/quote]
「XXX を空にする」は受信トレイでは右クリックメニューに出てきませんので、誤操作とは考えられず不手際とは言えないと思います。
運悪く Thunderbird のバグを引き当ててしまったのでしょう。

とは言え、実際に何が起こっていて何が原因なのかは現時点では不明です。
BMO (bugzilla.mozilla.org）で「empty trash」「empty junk」とかで検索しても本トピックの事例に関係しそうなバグは見つかりませんでした。（関係しなさそうなのは多数）
再現しようと Yahoo!メールのIMAPアカウントで迷惑メールフォルダーやごみ箱を空にするコマンドを何度かやってみたのですが、普通に対象フォルダーが空になって受信トレイは無事でした。

とりあえず、アクシデント発生に備えて定期的にバックアップを取ることをおすすめします。
拡張機能の「[url=https://addons.thunderbird.net/ja/thunderbird/addon/importexporttools-ng/]ImportExportTools NG[/url]」を入れておくと、プロファイルのバックアップ機能があり、設定した周期で Thunderbird 終了時にバックアップしてくれます。

spamフォルダを選択して右クリック→ごみ箱を空にするを選択したところ、
なぜか受信フォルダに入っていたメールがすべて消えてしまいました。

spamに振り分けられた迷惑メールは消えずに残ったままで、
受信トレイのメールが全部消えたという状況です。
全部消えた後に受信したメールは受信トレイに表示されています。

ウェブメール（さくら）でも確認しましたが、thunderbirdと同様に
受信トレイからメールはすべて消えていました。

設定はIMAPです。
thunderbirdのバージョンは128.5.0esrです。

▼試したこと▼
・アプリの再起動
・PCの再起動
・プロパティからフォルダの修復
・INBOX.msfを削除

私の不手際でしかないのであれば諦めますが、
調べたところYahoo知恵袋では似たようなトラブルを投稿していた方を見かけました。
https://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q14296915224
しかし未解決のようなので、今回藁にも縋る思いで専門の掲示板にたどり着きました。

こういったところに投稿するのは初めてなので、失礼があったら申し訳ありません。
詳しい方教えていただければ幸いです。