とりあえず、Inbox と popstate.dat を削除した状態で Thunderbird を起動、POPサーバーにある 549件のメールを初期ダウンロードしている間に40回以上終了→起動を繰り返してみましたが、
Inboxのメッセージ数とpopstate.datに記録された件数は一致してました。

アップデートじゃないと発生しないんでしょうかね。
ちなみに起動時にアップデートって、実際にはどういう挙動になるんでしょう？

どうやら下記のバグのようですね。

Bug 1930595 If a problem occurs while writing out message, "popstate.dat" file will be updated but "Inbox" file will not be updated.

起動時のメール受信時にThunderbirdのアップデートが走ったとかの場合に、
受信が失敗して受信トレイには書き込まれないが、popstate.dat にはメールのUIDが書き込まれて受信済みの扱いになってしまう可能性があるということのようですね。

ちょっと再現させてみたいですね。トライしてみます。

はじめまして、通りすがりです。

ホンキハウスさんと同様の現象が私の方でも確認しております。

私の方では9月頃から度々発生しており、
thunderbirdを立ち上げたときと同時に
アップデートが走った時、メール一覧表示にもたついた時に起こっております。

メールの受信が抜けていた際にthunderbirdのメール保存フォルダの実ファイルを確認しましたところ、
「popstate.dat」は更新時間はthunderbird起動時刻になってましたが、
「inbox」につきましては前回thunderbird起動した時刻でした。

EarlgreyTeaさん

返信ありがとうございます。

（初回登録のアカウント）のpopstate.dat は削除しました。
実際は以下の通り作業しました。

1.（初回登録のアカウント）のpopstate.dat を削除して、受信メールを確認出来ました。
2.念の為、テストも兼ねてアカウントを追加しました。
3.次に（初回登録のアカウント）を使って新規で自分宛のメール送受信後、
4.（追加登録のアカウント）で受信したら3.で送ったメールが受信出来なかったのです。
　（追加登録のアカウント）で、3.以前のメールは受信できました。
5.Thunderbirdの再インストールを実施したら、
　（追加登録のアカウント）に3.で送ったメールの受信が出来る様になりました。

後から思ったのですが、（追加登録のアカウント）から新規のメールを送ったらどうなるか等
試したら良かったと思いましたが、解決したのでそれは実施できておりません。

説明が漏れておりまして申し訳ございませんでした。

ホンキハウス さん、お久しぶりです。

[quote="ホンキハウス"]Thunderbirdをアンインストール後、再インストール後、
初回登録のアカウントで起動して自分宛にメールして受信出来た事を確認後、
追加したアカウントで受信しても受信できる様になりました。[/quote]
Thunderbirdのアプリ再インストールで解消したということですね。
仮に今回の現象[quote="ホンキハウス"]又、受信トレイにくるはずのメールが受信（表示）されなかった[/quote]の原因がそこにあったとしても、9月の件は popstate.dat の不整合が関係していたのは確かなはず。
ちょっと釈然としない感じですね。

下記についてもなんとも腑に落ちない感じです。
[quote="ホンキハウス"]「新しいプロファイル」を作成して同じアカウントを追加しました。
（中略）
それで受信漏れがなくなると思っていましたが、
試しに初回登録のアカウントで起動して自分宛にメールして受信出来た事を確認後、
追加したアカウントで受信したらそのメールが受信できませんでした。[/quote]
今まで使っていたプロファイルのアカウント（初回登録のアカウント）で問題が起きたので、新しいプロファイルで新規にアカウント設定（追加したアカウント）したら問題が発生しないことを期待したはず。
それなのに問題が出ている方であっさりメールの受信できている。
この時点で疑問に思われなかったのでしょうか…

謎です。

EarlgreyTea 様
各位

又、受信トレイにくるはずのメールが受信（表示）されなかったので、
同じアカウントで追加して受信する様にしました。
↓
Thunderbirdのショートカットのリンクに " -p"を入れて
「新しいプロファイル」を作成して同じアカウントを追加しました。
"C:\Program Files\Mozilla Thunderbird\thunderbird.exe" -p
メール設定は「サーバーに残す設定」
↓
それで受信漏れがなくなると思っていましたが、
試しに初回登録のアカウントで起動して自分宛にメールして受信出来た事を確認後、
追加したアカウントで受信したらそのメールが受信できませんでした。
Thunderbirdのバージョンは現在の最新(128.4.4esr(64ビット))でした。
↓
Thunderbirdをアンインストール後、再インストール後、
初回登録のアカウントで起動して自分宛にメールして受信出来た事を確認後、
追加したアカウントで受信しても受信できる様になりました。

これで様子を見てみます。
解決すればいいのですが。

[quote="ホンキハウス"]メールをサーバーに残す設定を7日にしておりますので、
約150件(10MB)程度です。
popstate.datが肥大化していたという件は次回削除する前に確認します。[/quote]
7日であれば全然問題ないと思います。（デフォルトは14日）

[quote="ホンキハウス"]そもそ受信トレイのサイズが4GBを超えていた為、
整理した時にゴミ箱が4GBを超えたと思われます。
全体サイズは17GB近くありました。[/quote]
4GBを超えてないかを確認して2GB位ありました、という話だったはず。
でも実際は4GB超だったのですね。

受信トレイのサイズ削減に努めてください。
受信トレイは新着メールを受ける場所であって、メールを長期保管するところではありません。
アーカイブ機能を使ってどんどん別フォルダーに分割しましょう。

EarlgreyTea 様

度々返信ありがとうございます。
以下、返答いたします。

＞サーバーに残ったメールというのは全体で何件あったのでしょう。
＞その分だけpopstate.datは肥大化していたことになります。
↓
メールをサーバーに残す設定を7日にしておりますので、
約150件(10MB)程度です。
popstate.datが肥大化していたという件は次回削除する前に確認します。

＞これはなかなかに衝撃的です。ごみ箱が4GB超とか聞いたことがありません。
＞Inbox が2GBくらいということでしたので、Trash と合わせて6GB以上ということに。
＞バックアップしたプロファイルの全体サイズって…
＞もしかして、Windowsのエクスプローラーとかスマホのごみ箱などの様に、自動的に削除されるものと思って放置していたのでしょうか。
↓
そもそ受信トレイのサイズが4GBを超えていた為、
整理した時にゴミ箱が4GBを超えたと思われます。
全体サイズは17GB近くありました。

ゴミ箱は手動で削除しないといけないとの認識はありませんでした。放置していました。
「終了時にゴミ箱を空にする」のチェックを入れる事も検討します。

＞ウインドウ下部のステータスバーにメールを受信しているような表示が出ていて実際には受信している、
＞でもメールが表示されていない、そういう場合にフォルダーを修復してみるという話です。
↓
承知しました。

[quote="ホンキハウス"]試しにメールを退避して、popstate.datを削除したら、サーバーに残った受信メールは再受信出来ました。
対象のメールも受信できました。[/quote]
きちんとサーバーからメールを受信できるようになったようで、まずはよかったですね。
popstate.dat が不整合を起こしていたということになりますが、なぜそんな事になったのかは気にする必要があります。
なんとなく「運用に問題があったのではないか」と私は思います。
サーバーに残ったメールというのは全体で何件あったのでしょう。
その分だけpopstate.datは肥大化していたことになります。

[quote="ホンキハウス"]メールの容量を確認したら、ゴミ箱が4GBを超えておりゴミ箱を空にできなくなっていました。
ゴミ箱(Trash ファイルと Trash.msf ファイル)を削除してゴミ箱を空に出来る様になりました。[/quote]
これはなかなかに衝撃的です。ごみ箱が4GB超とか聞いたことがありません。
Inbox が2GBくらいということでしたので、Trash と合わせて6GB以上ということに。
バックアップしたプロファイルの全体サイズって…
もしかして、Windowsのエクスプローラーとかスマホのごみ箱などの様に、自動的に削除されるものと思って放置していたのでしょうか。

[quote="ホンキハウス"]「フォルダー修復」試しましたが、今回は対象のメールは表示されませんでした。
又、同じ事象が発生したら試してみます。[/quote]
ウインドウ下部のステータスバーにメールを受信しているような表示が出ていて実際には受信している、でもメールが表示されていない、そういう場合にフォルダーを修復してみるという話です。

EarlgreyTea 様

返信ありがとうございます。

「フォルダー修復」試しましたが、今回は対象のメールは表示されませんでした。
又、同じ事象が発生したら試してみます。

今回の件と関係あるか分かりませんが、
メールの容量を確認したら、ゴミ箱が4GBを超えておりゴミ箱を空にできなくなっていました。
ゴミ箱(Trash ファイルと Trash.msf ファイル)を削除してゴミ箱を空に出来る様になりました。

試しにメールを退避して、popstate.datを削除したら、サーバーに残った受信メールは再受信出来ました。
対象のメールも受信できました。

進展がありましたら報告させていただきます。

ホンキハウス さん、EarlgreyTea と申します。

[quote="ホンキハウス"]受信トレイにくるはずのメールが受信（表示）されません。[/quote]
受信トレイのメッセージリストに表示されているかは別として、ウインドウ下部のステータスバーにメールを受信しているような表示が出ていなかったでしょうか。
もし出ていたのでしたら実際には受信していて、フォルダーの要約ファイルが破損して見えていなかったという可能性があります。
その場合は、受信トレイを右クリック＞プロパティ＞一般情報＞「フォルダーを修復」で修復すると見えるようになるかもしれません。

[quote="ホンキハウス"]ファイル→フォルダーの最適化実施
受信メールボックスのInboxの容量確認（4GBを超えてないか確認）→2GB位ありました。[/quote]
最適化というのは、メールを削除したがデータはまだ残っている状況で完全に消去してフォルダーのサイズを削減する操作です。
メールが無いという場合に真っ先に行うことはおすすめしません。
受信トレイのサイズは大きい方ですね。
本件と関係あるかはわかりませんが、アーカイブ機能等により別フォルダーに分割してサイズをなるべく削減しておくことをおすすめします。

[quote="ホンキハウス"]サーバーにメールを残す設定にしていますので、
試しにプロファイルを追加設定して受信したら、表示されないメールが受信（表示）できました。[/quote]
POPアカウントではメッセージの保存先フォルダーに popstate.dat というファイルがあり、受信したメールが記録されます。
メールを受信する際にはサーバーにあるメールのリストをまず取得し、それを popstate.dat と照合して受信していないメールだけを受信する処理を行います。
したがって、サーバーに新着メールが来ているのに受信しないという場合は popstate.dat が不整合ないし破損しているという可能性が考えられます。

上記の推測通りであれば、popstate.dat ファイルを削除して Thunderbird を再起動すればサーバーの全てのメールを受信することができるでしょう。
もちろん、それを行うと受信トレイにあるメールと重複することになりますので、いったん受信トレイのすべてのメールを別フォルダーに退避してから試すとよろしいかと思います。

受信トレイにくるはずのメールが受信（表示）されません。

サーバーにメールを残す設定にしていますので、
試しにプロファイルを追加設定して受信したら、表示されないメールが受信（表示）できました。
元のプロファイルで再受信しましたが、表示されないメールが受信（表示）できませんでした。

設定等、見直す事がありますでしょうか？

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Thunderbirdの情報
--------------------------------
＜Thunderbirdのバージョン＞
128.1.1
128.2.0

＜受信プロトコル＞
POP3
ポート：995

＜セキュリティ設定＞
SSL/TLS

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その他情報
-------------------------------
＜OS＞
Windows10 Pro 22H2

＜セキュリティソフト＞
TREND MICRO ApexOne
パターンファイル 19.579.00

＜試した事＞
ファイル→フォルダーの最適化実施
受信メールボックスのInboxの容量確認（4GBを超えてないか確認）→2GB位ありました。