アラン さん、EarlgreyTea と申します。

[quote="アラン"]無料なので文句を言うのも筋違いかもしれませんが、多機能を捨てて必要最小限で信頼度の高いアプリを提供していただけるとありがたいです。(他の方の参考になれば幸いです)[/quote]
無料だから筋違いというわけではありません。
ここはあくまでユーザー相互のサポートや情報共有の場ですので、要望は Thunderbird の開発者に届くようにフィードバックをお願いしますね。

どれも英語ですしアカウント作ってログイン必要ですが、[list]
[*][url=https://support.mozilla.org/en-US/]Mozilla Support[/url]の質問フォーラムに投稿する
基本コミュニティサポートですが、mozilla が運用しているサイトなので mozilla の従業員がコメントすることもあります。
Thunderbirdのヘルプからサポートサイトに行けますが、日本語版のページでは質問フォームへの導線は無くて代わりにMozillaZine.jpフォーラムが案内されています。（そのせいでここを公式だと勘違いしてしまう方がいるようです）
下記URLで質問フォームに行けます。
https://support.mozilla.org/en-US/questions/new/thunderbird/form
[*][url=https://connect.mozilla.org/]Mozilla Connect[/url]でフィードバックの提供や議論したり、アイデアを提案する
Mozilla Connectはユーザーがフィードバックを提供したり新機能のアイデアを共有し、将来のリリースを形作るのに役立つ会話に参加するためのスペースです。
[*][url=https://bugzilla.mozilla.org/]bugzilla.mozilla.org (BMO)[/url] にバグ報告する
修正する必要がある不具合がある場合は直接バグ報告することができます。
ただし第三者が再現可能な手順が必要となります。[/list]といった手段があります。

では本題です。[quote="アラン"]ここ一か月ほど、メインPCにインストールしてあるアプリで突然一部のメールが受信されない現象が発生、先方からの電話連絡でそれが発覚するという極めて深刻な事例がありました。
（中略）
フォーラムを参考に、念のため「編集」→「フォルダのプロパティ」→「フォルダーを修復」を実行してみたところ、あっさりと無かったはずのメッセージが見えました。[/quote]
メールが見つからず機会損失ということになると、ビジネスユーザーにとっては深刻な問題でしょう。
現象としてはmbox形式のフォルダーに対する要約ファイル（拡張子「.msf」）が何らかの原因で破損して不整合を起こしていたということになります。

ところで「ここ一か月ほど」というのは、「フォルダーを修復」の対処法にたどり着くまでに１ヶ月かかったということでしょうか。それとも「フォルダーを修復」を行っても何度も再発したということでしょうか。
後者ですと意味合いが変わってきます。

[quote="アラン"]過去7年ほど、10台のPCを渡り歩いて本アプリを使っていますが、大きなトラブルはなく非常に信頼度の高いアプリだと思っていただけに、今回の症状には少し困惑しました。[/quote]
私は14年くらい使ってることになりますが、受信したのにメッセージリストで見えないという症状は（常用環境では）遭遇したことは一度もないです。
懸念点としては、要約情報のmsfファイルがMork形式（参考記事の[url=https://web.archive.org/web/20170709031048/http://firefoxhacks.at.webry.info/200705/article_2.html]アーカイブ[/url]）という奇妙なデータ形式のテキストファイルであることです。
アクセスが集中したりファイルが肥大化してたりすると不整合が生じる事態もあるのでしょう。

運用で不整合のリスクは減らせると思います。
受信トレイにはあまりメールを溜め込まないようにすることが大事です。
チェックが済んだメールは他のフォルダーに移動する運用を心がけ、定期的にフォルダーの最適化＆修復を行うとよいかと思います。

thunderbirdは7年ほど使用しています。様々なフリーメールや個人ドメインのメールなどを一括でやり取りしています。現在は4台のパソコンにアプリをインストールして全てのＰＣで同じメールがみられるように管理しています。バージョンは115.12.1 (64 ビット)です。もちろんスレッド化は無効にしてあり、7年前の状態に近い形でシンプルに運用しています。

【症状】
ここ一か月ほど、メインPCにインストールしてあるアプリで突然一部のメールが受信されない現象が発生、先方からの電話連絡でそれが発覚するという極めて深刻な事例がありました。調べてみると元サーバーにはメールがありthunderbirdのアプリ内部にはメールが無いということがわかりました。

【経過】
フォーラムを参考に、念のため「編集」→「フォルダのプロパティ」→「フォルダーを修復」を実行してみたところ、あっさりと無かったはずのメッセージが見えました。フォルダー修復の注釈には　”削除したはずのメッセージが表示されてしまうことがあるので、その際は修復してください”　という旨の説明がありましたが、逆の現象も起こるようです。

【結果・結論】
削除されたものが見えるのは全く実害がありませんが、受信されたメールが見えないのは非常に深刻な問題です。過去7年ほど、10台のPCを渡り歩いて本アプリを使っていますが、大きなトラブルはなく非常に信頼度の高いアプリだと思っていただけに、今回の症状には少し困惑しました。

無料なので文句を言うのも筋違いかもしれませんが、多機能を捨てて必要最小限で信頼度の高いアプリを提供していただけるとありがたいです。(他の方の参考になれば幸いです)