[quote="shiei"]どうやら、同じ送信者から同じ日に来たメールがスレッドにまとめられていて、展開しないとわからない状態だったようです。[/quote]
メールのスレッド表示は馴染みがないでしょうか。
返信等で一連の会話に紐づけられるメールがスレッドになります。
その意味では、ccに入った別の人や別の日のメールもスレッドになる可能性があります。

スレッドに新着があれば非スレッドと同様に強調表示されるはずですし、Nキーのショートカットで次の「未読メッセージ」に次々移動してメールチェックできます。
フォルダーペインのフォルダーモードに「未読フォルダー」というのもあります。

EarlgreyTeaさん、ご返信ありがとうございます。

>メールの取得はできているけど見えないという可能性もあります。
>「グローバル検索 (Ctrl+K)」や「メッセージを検索 (Ctrl+Shift+F)」で検索してみるとどうでしょう。
こちら試してみたところ、検索結果には表示されました！

どうやら、同じ送信者から同じ日に来たメールがスレッドにまとめられていて、展開しないとわからない状態だったようです。
メニューバー＞表示＞並び替え順次＞非スレッドでスレッド化を解除し、すべてのメールを一覧でスレッドにまとめられることなく確認することが出来るようになりました。

そもそもの前提条件（受信できていない）部分が間違っており、確認不足で大変失礼しました。

無事解決して安心いたしました。
お知恵を貸していただきありがとうございました。

[quote="shiei"]GmailのPOP受信が悪さをしているわけではなさそうなのですが、どうでしょうか？[/quote]
そうですか。
そうなると、現時点のこのトピックでの情報では、Thunderbirdのプロファイルになんらかの原因があると仮定して新しいプロファイルからアカウント設定を行ってみるといったアドバイスくらいでしょうか。
拡張機能とかメッセージフィルターとか一切無しでです。

そもそも、[quote="shiel"]Gmailおよびサーバー付属のWEBメールでは受信できているメールが
Thunderbirdでは受信できていないメールが複数あります。[/quote]というだけで詳細の状況がまるでわかりません。
それがどういったメールでどのフォルダーとか、共通点のような手がかりは無いのでしょうか。

メールの取得はできているけど見えないという可能性もあります。
「グローバル検索 (Ctrl+K)」や「メッセージを検索 (Ctrl+Shift+F)」で検索してみるとどうでしょう。

EarlgreyTeaさん、アドバイスありがとうございます！

>これはGmail（Web）の設定にて、
>アカウントとインポート＞他のアカウントのメールを確認:「メールアカウントを追加する」を選択
>エックスサーバーのメールアドレスを入力して「次へ」
>「他のアカウントからメールを読み込む (POP3)」を選択して「次へ」
>メール設定を適切に設定し、「取得したメッセージのコピーをサーバーに残す。」にチェックした状態で「アカウントを追加」
>として、GmailでPOP受信するように設定しているという理解でよろしいでしょうか。

はい、ご理解のとおりです。

今回、Gmail優先運用でspark（https://sparkmailapp.com/ja）というメールクライアントでIMAP受信してみましたが、そちらではサーバー付属メールと同じく、すべてのメールを正しく受信できていました。

GmailのPOP受信が悪さをしているわけではなさそうなのですが、どうでしょうか？

shiei さん、EarlgreyTea と申します。
状況を確認させてください。

[quote="shiei"]同じメールアドレスを無料のGmail（POP、サーバーに残す設定済み）と[/quote]
これはGmail（Web）の設定にて、[list=1]
[*]アカウントとインポート＞他のアカウントのメールを確認:「メールアカウントを追加する」を選択
[*]エックスサーバーのメールアドレスを入力して「次へ」
[*]「他のアカウントからメールを読み込む (POP3)」を選択して「次へ」
[*]メール設定を適切に設定し、「取得したメッセージのコピーをサーバーに残す。」にチェックした状態で「アカウントを追加」[/list]
として、GmailでPOP受信するように設定しているという理解でよろしいでしょうか。
[url=https://support.google.com/mail/answer/21289?ctx=gmail&hl=ja&authuser=0&visit_id=638508492808396549-3134860356&rd=1#zippy=]他のアカウントのメールを確認する - パソコン - Gmail ヘルプ[/url]

なお、Gmailのこの機能を私は利用しておりませんので、その挙動に依存した問題であった場合は Gmail のサポートに問い合わせた方がよいかもしれません。

[quote="shiei"]Thunderbird（IMAP）の2つで受信する設定にしています。[/quote]
ThunderbirdではエックスサーバーのメールアドレスのIMAPアカウントを設定しているのですね。
IMAPアカウントは受信というより、メールサーバー上のフォルダーと同期（設定による）しているはずです。
つまり、エックスサーバー上とThunderbirdのフォルダーやメールは基本的に同じになっているはずです。

GmailでのPOP受信を停止させてみて、Gmailが関係しているかどうか切り分けてみてください。

【追記】
もし、Gmailの方が優先運用で停めたくないという場合は、Thunderbirdの代わりに他のIMAPが使える電子メールクライアントで試してみましょう。
まずは切り分けが大事です。

バージョン115.4.2(64ビット)のThunderbirdを利用しています。
Thunderbird内のメッセージ数は783、ディスク上のサイズは50.1MB

メールサーバーはエックスサーバー、
同じメールアドレスを無料のGmail（POP、サーバーに残す設定済み）と
Thunderbird（IMAP）の2つで受信する設定にしています。

Gmailおよびサーバー付属のWEBメールでは受信できているメールが
Thunderbirdでは受信できていないメールが複数あります。
迷惑メールも確認しましたがありませんでした。

同じ差出人からのメールでも届いているものと届いていないものがあり
メールアドレスで弾いているわけでもなさそうです。

上記現象が起きているパソコンとは違うパソコンでもThunderbirdで同じメールを受信しておりますが、全く同じ現象が起きています。
届いていないメール・届いているメールも全く同じです。

何が原因でしょうか？
お知恵をお貸しください。。