ショートカットキーではありません。
現在のフォルダーに未読メッセージがなくなり他のフォルダーにある場合、確認ダイアログが出るはずです。これに「はい」で答えるための「Y」です。
Macだと違うのかもしれませんが。

それで未読を読み進めてもアカウントが青色のままということですが、Macでの問題かもしれませんし、Makkotさんのプロファイル依存の問題なのかもしれません。
確かめたほうがいいと思います。
このあとの進展があった場合は、ぜひ別トピックでお願いします。（他に困ってる人がいても適切なタイトルのトピックじゃないとたどり着けないと思うので）

ずっとB,N,Mキーおよび改行キーでThunderbirdの記事を読んでいますが、ver.115.5.1の時はmail部、rss部とも青色は消えていました。その後 5.2 6.0では青くならなくなり、6.1で直ったと思ったらmail部の青色だけマウスカーソルを使わないと消えなくなっていました。このタイミングが同じなので原因は同じだと、思わず書き込んでしまいました。以後、ぶら下がりにならないように気をつけます。

EarlgreyTeaさん、わざわざフィードをセットして試していただきありがとうございます。しかし私(Mac)のところではYキーでは何も起こりません。ヘルプのショートカットキーのところによると、標準ではYキーに何も定義されていないのではないですか。いろいろ試してみて、なぜか私のキーボードではcontrol+Y を押すと、次のフォルダーの未読に飛んでくれるのがわかりました。これでも読めますが、青色はやはり消えてくれません。あまり細かいことに拘らないようにします。

それはこのトピックとは別の話になりますので、ぶら下がりでの質問は避けてほしいです。

いちおう試してみましたが、フィードアカウントも追加した上で「N」キーと次のフォルダーに移る確認の「Y」キーのみで読み進めたところ、メールアカウントの新着の「青色」は解除されました。
マウスクリックは一切行っていません。

115.6.1になってバグは直してもらったと思いますが、メッセージを読むときにB(一行戻る)N(次の未読に進む)M(未読と既読を互いに変換)キーで読み進んでいくものにとっては、RSS部分は一行を既読にすれば青色が消えて従来通りに読めるようになっていますが、メール部分はどこかでカーソルを使わないと青色が消えてくれません。できれば前のようにマウスカーソルを使わなくても良いように直して欲しいです。

リリース版がVer.115.6.1にアップデートされ、本件不具合が修正されていることを確認しました。

Bug 1870619 の修正がBETA版の122.0b2に反映されたことを確認しました。
リリース版115への反映がどうなるかは不明です。

こちらの不具合はトピック「受信動作がおかしい」の症状の一つとして気づきました。
新着メールがある場合、フォルダーペインにて該当のフォルダー及びアカウントが青色に強調表示されるのが仕様ですが、Ver.115.5.2、115.6.0 では青色に変わらなくなっています。

バグ起票しようと調べたところDAILY版ではすでに修正済みでした。下記バグになります。

Bug 1870619 highlighting the inbox for new mails not fetched not working any longer

クローズになっていますが、リリース版への反映がどうなるかは不明です。