こんにちは。

方法は２つあります。

１．ご自分で prefs.js で編集して変更する。
　　＊注： prefs.js の編集はしない方がいいです。user.js でも可能かも知れません。

[code]user_pref("mail.accountmanager.accounts", "account4,account1,account3,account2");
user_pref("mail.accountmanager.defaultaccount", "account4"); [/code]
参照：
FAQ - Mozilla Thunderbird まとめサイト
「フォルダペインに表示されるアカウントの並び順を変更したい」
http://thunderbird.geckodev.org/index.php?FAQ#vde28021


２．拡張機能を利用する。
　　こっちの方が簡単でいいかも。

参照：過去ログ
mozillazine.jp - アカウントの順番入替えは可能？
http://mozillazine.jp/forums/viewtopic.php?t=490