添付ファイルはプロファイルフォルダのMailフォルダ内に本文と一緒にmbox形式で保存されています。
添付ファイルを保存するには2つの方法があります。どちらも右クロックから選択できます。

1.保存 - 添付ファイルをPC上に保存します。[b]添付ファイルはmboxにも残ります[/b]（添付ファイルはmbox内と保存先の両方にある）。
2.分離 - 添付ファイルをmboxとは切り離して別の場所に保存します。[b]添付ファイルはmboxには残らず[/b]、mboxには分離先の情報が保存され、参照されます（添付ファイルは保存先にしかない）。

分離の場合、分離したファイルを移動したり削除したりするとThunderbirdからは認識できなくなりますので注意してください。

データ復元が目的であればプロファイルフォルダを丸ごとバックアップするのがいちばん簡単です。

詳しくはこのへんをどうぞ。
http://www.mozilla-japan.org/support/thunderbird/profile