こんにちは。
自信が無いのであくまでも推測です。
1.テーマの影響は考えにくいのですが念のため一旦変更したテーマから変更前の
テーマに戻すか、削除して確認してみてください。
それでも直らない場合は次の2つが考えられます。
2.ウイルス対策ソフトがウイルスを感知してごっそりフォルダごと削除した。
ソフトの種類や挙動設定にもよると思われますが、一旦ウイルスとして削除した
ファイルをどこかに隔離・保管しているかも知れません。
そのソフトの設定を確認されて保管されていないかどうか探してみてください。
もしあれば復旧できるかもです。
Mozilla Japan ナレッジベース 「メールボックスが突然消えてしまった」
http://www.mozilla-japan.org/kb/solution/3030
Thunderbird : FAQs 「メールが消えた」
http://homepage2.nifty.com/huruha/DisappearingMail.html
Thunderbird - もじら組Wiki 「ウィルスへの対策」
http://www.mozilla.gr.jp/wiki/wiki.cgi?page=Thunderbird#p8
3.もうひとつは、アカウント単独のトレイだったものを共通受信トレイ(ローカルフォルダ)
に変更した場合です。
Thunderbird : FAQs 「共通受信トレイ」
http://homepage2.nifty.com/huruha/Global_Inbox.html
4.最後に、上記以外では残念ながら何かしらのPC内部のトラブル、不具合、事故等
によって保管していたメッセージがフォルダごと削除されてしまった場合です。
これは特殊なファイル復活ソフト等を使えば復活できるかも知れませんが、経験が
無いのでなんとも云えません。
お仕事用のメール消失はショックだとは思いますが、大事な物であるならばやはりバック
アップをしておくのをお勧めします。
これは Thunderbird に限ったことではなく、一般的に備えという意味です。