[quote="ninomiya"]復元する方法はありますか？[/quote]
実際に復元する具体的な方法は、状況を調べないとはっきりとは言えませんし、復元できるかもやってみないとわかりません。
ですが、復元できる可能性を高めるためには、取り急ぎプロファイルフォルダーのバックアップを行ってください。
質問投稿から時間がたっているので少し心配ではあります。

もし、Thunderbird を起動しているなら、該当の振り分けが動作するような受信を行わないよう、アカウントのサーバー設定で自動受信を止めてください。
止めたら、ヘルプ＞トラブルシューティング情報＞プロファイルフォルダー「フォルダーを開く」ボタンにて、プロファイルフォルダーを開いておいてください。
そしてThunderbirdを終了します。

もし、Thunderbird を終了していたら、[b]起動させずに[/b]、プロファイルフォルダーを探しましょう。

下記を参考にプロファイルフォルダーのバックアップを行ってください。

[url=https://support.mozilla.org/ja/kb/profiles-where-thunderbird-stores-user-data]Thunderbird のプロファイル | Thunderbird ヘルプ[/url]

なお、メッセージ保存先を意図的にプロファイルフォルダー以外に設定した覚えがある場合、そのフォルダーのバックアップを行う必要があります。
（そういう覚えがなければプロファイルフォルダー内になっています）

まずは、ここまで行っていただき、それが終わりましたら返信いただけますでしょうか。

Windows8.1　Thunderbird68.4.2 (32 ビット)　にてメールを利用中、ローカルフォルダの直下の受信トレイ下に、振り分けていたメールフォルダがあったが、消えてしまった。
復元する方法はありますか？