guma さん、EarlgreyTea さん、maji とゆ者です。
その後の投稿が途絶えてるのが気になってます。

[quote="EarlgreyTea"][quote="guma"]「送信済みトレイ」のメールすべてを削除して進捗インジゲーター（ぐるぐるまわるもの）が出ている時に、ごみ箱を空にしたら発生しました。[/quote]これは重要な情報です。
メールの削除処理が完了していない状況で、「ごみ箱を空にする」を実行したら発生したということですね。。
つまり、
ごみ箱フォルダー Trash に削除メールを順次書き込んでいる途中で、Trash を消そうとしたことになるわけです。
これはいかにもダメそうです。[/quote]

今日は少しばかし時間が出来たので、
いくつかのパターンでテストしてます。

Windows10(64bit) + Thunderbird(64bit)
Windows10(64bit) + Thunderbird(32bit)
Windows10(32bit) + Thunderbird(32bit)

それぞれでテスト用新規プロファイル作り
アドオン何もいれず
ただし設定は「いつもの」自分用のものを手修正し

送信済トレイに約 1,000通(またはそれ以上)
ごみ箱フォルダにも約 1,000通(またはそれ以上)

それぞれ格納した状態を都度に作り
そこで

　・「送信済みトレイ」のメールすべてを削除して進捗インジゲーター(ぐるぐるまわるもの)）が出ている時に
　・平行し ごみ箱を空にする を実行する

をやりました。

環境パターン変え何度かやってみましたがも私の手元では再現しません。
とゆ事で
私も EarlgreyTea さん同様に[quote="EarlgreyTea"]私自身は一度も遭遇したことも、意図的に再現できたこともありません。[/quote]です。

不思議ですね。

[quote="guma"]「送信済みトレイ」のメールすべてを削除して進捗インジゲーター（ぐるぐるまわるもの）が出ている時に、ごみ箱を空にしたら発生しました。[/quote]
これは重要な情報です。
メールの削除処理が完了していない状況で、「ごみ箱を空にする」を実行したら発生したということですね。。
つまり、ごみ箱フォルダー Trash に削除メールを順次書き込んでいる途中で、Trash を消そうとしたことになるわけです。
これはいかにもダメそうです。

[quote="EarlgreyTea"]「ごみ箱を空にする」は、ごみ箱の実体ファイル Trash と Trash.msf をいったん削除後に再生成することで行っていたと思いますので、その再生成が何らかの状況により阻害されることで、ごみ箱が消える、という症状になると解釈することができます。
問題はどういう状況がそれを引き起こすのかですね。[/quote]
今日、発生しましたのでご報告します。
気になった点としましては、「送信済みトレイ」のメールすべてを削除して進捗インジゲーター（ぐるぐるまわるもの）が出ている時に、ごみ箱を空にしたら発生しました。
あと、これは以前からなのですが、いつもの手順で復活させようとした時に「Mail」のアカウントフォルダに Trash.msf はあるのですが、Trash はありませんでした。
これは以前から気付いていたのですが、Trash.msf を削除して手順を踏めば復活していたので特に気にしていませんでした。

[quote="guma"]「はい」をクリックしたらごみ箱は消えています。[/quote]
なるほど。
「ごみ箱を空にする」は、ごみ箱の実体ファイル Trash と Trash.msf をいったん削除後に再生成することで行っていたと思いますので、その再生成が何らかの状況により阻害されることで、ごみ箱が消える、という症状になると解釈することができます。
問題はどういう状況がそれを引き起こすのかですね。

[quote="EarlgreyTea"]ちなみに、ごみ箱消失はごみ箱を空にする操作の直後に気づくのでしょうか。
それとも、Thunderbirdを終了して次に起動した際でしょうか。[/quote]
ごみ箱を右クリックして「ごみ箱を空にする」をクリックして（削除の警告は次回から表示しないにチェックしていますので警告画面は表示されません）、「はい」をクリックしたらごみ箱は消えています。
操作の直後に気付くということになります。

[quote="guma"]〇 ごみ箱の中を空にすると14、5回に1回ぐらいの割合で[/quote][quote="guma"]ごみ箱を空にするはほぼ毎日行います。削除したメールはすぐに消したいので、数通から1０通前後くらいで空にしています。[/quote]
ごみ箱を空にする操作はほぼ毎日1回程度行っていて、ごみ箱の消失現象は月に2回程度ということですね。
ちなみに、ごみ箱消失はごみ箱を空にする操作の直後に気づくのでしょうか。
それとも、Thunderbirdを終了して次に起動した際でしょうか。

[quote="guma"]追加の情報になりますが、現在メールアカウントを2つ設定しています。
ごみ箱が消えるのは上から2番目のメールアカウントになります。[/quote]
興味深い情報、ありがとうございます。

返信ありがとうございます。

1点訂正です。
× ごみ箱の中を空にすると4、5回に1回ぐらいの割合で
〇 ごみ箱の中を空にすると14、5回に1回ぐらいの割合で

申し訳ありません。1が抜けていました。

[quote="EarlgreyTea"]ごみ箱を空にする操作はどのくらいの頻度で行っていて、一回あたりメールをいくつくらい削除してるでしょう。[/quote]
ごみ箱を空にするはほぼ毎日行います。削除したメールはすぐに消したいので、数通から1０通前後くらいで空にしています。

追加の情報になりますが、現在メールアカウントを2つ設定しています。
ごみ箱が消えるのは上から2番目のメールアカウントになります。
「アカウント操作」 ⇒ 「既定のアカウントに設定」 でメールアカウントの並び方を変えて、2つのアカウントでごみ箱を空にしていたら上のアカウントのは消えませんでした。2番目のは消えました。
今思えばですが、消えるのは常に2番目のだったような気がします。
試行回数が少ないのかもしれませんが、メールアカウントが１つしか設定してないPCでは消えたことがありません。

[quote="guma"]何か改善策があれば教えて下さい。[/quote]
時々話題になる現象ではありますが、私自身は一度も遭遇したことも、意図的に再現できたこともありません。
なので、どういう状況でごみ箱が消えてしまうのか、逆に教えてほしいです。

ごみ箱を空にする操作はどのくらいの頻度で行っていて、一回あたりメールをいくつくらい削除してるでしょう。

OSはWindows10 64ビットでThunderbirdのバージョンは 68.4.1（32ビット）です。
ごみ箱を右クリックして、「ごみ箱を空にする」をクリックしてごみ箱の中を空にすると4、5回に1回ぐらいの割合でごみ箱が消えてしまいます。
再起動してもごみ箱は復元されません。

復元するには [url=https://support.mozilla.org/ja/kb/cannot-delete-messages]https://support.mozilla.org/ja/kb/cannot-delete-messages[/url] の手順を行えば復元できます。

以前からたまにあったのですが、最近はごみ箱が消える頻度が多いので、何か改善策があれば教えて下さい。