※質問するときは、「フォーラムの利用に関するご案内」、とりわけ「質問するときは」に目を通し、OS の種類や Thunderbird のバージョン、アカウントの種類（IMAP か POP か）といった使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。【重要】
「メールが消えた」系の問題が起こったときは、最優先でプロファイルのバックアップを確保することをお勧めします。
その症状を生み出した原因が不明な段階で、あやふやな理解のままプロファイル内をいじり回すと、自らトドメを刺してしまうことがあるからです。
日常的にバックアップを取っているのなら、直近のバックアップが復旧へのセーフティネットになると思います。
（参考）・Thunderbird のプロファイル | Thunderbird ヘルプ
https://support.mozilla.org/ja/kb/profi ... -user-dataThunderbird が保存しているメールデータの保存形式は mbox 形式なので、原則的にはテキストエディタで編集可能です。
しかし、いまある情報だけでは不確かな要素があるので、確認を兼ねていくつか書かせていただきます。
引用:
Inboxにたまったメールを新しいフォルダーを作って移し替えたのですが，
この操作は、Thunderbird 上でおこなったということですよね。
ここでは、「新しいフォルダー」を、仮に [X] と呼んでおきます。
（補足）
英語版 Thunderbird のフォルダペインに存在する Inbox フォルダは、日本語版では [受信トレイ] と表示されます。
[受信トレイ] の実体は、プロファイルフォルダ内にある Inbox という拡張子のないファイルです。
引用:
このフォルダーのメールが読めなくなりました．
「Inboxにたまったメール」を、[X] フォルダに移動させているとき、あるいは移動を完了した直後は、[X] フォルダに移したメールは問題なく読めたのでしょうか。
[X] フォルダ自体は存在するとして、「読めなくなりました」というのは、
（a）このフォルダを選択してもスレッドペインにはメール一覧が表示されない、ということですか。
（b）スレッドペインにメール一覧は表示されるが、どれを選択しても下段のメッセージペインに内容が表示されない、という意味ですか。
（c）その他の状況
引用:
容量が4GBを超えている（約10GB））ためでしょうか？
[X] フォルダが、その容量を持っているということですよね。
どこを見て、「容量が4GBを超えている（約10GB）」と確認なさったのですか。
（d）プロファイル内にある [X] フォルダの実体ファイルを直接確認なさったのですか。
（e）[X] フォルダに対し [右クリック] -> [プロパティ] で開く [フォルダーのプロパティ] 画面ですか。
昔のバージョンでは、１フォルダに保存できる容量が制限されており、それが Windows 版では 4 GB でした。
現在のサポート内バージョンである Thunderbird 52.x 系では、この制限は解除されていますが、Thunderbird 上の１フォルダをシステム上では１ファイルで扱うというのが Thunderbird の標準仕様のため、１フォルダに大量のメールを溜め込み過ぎると、システム上のファイル容量がギガバイト級に肥大化しやすくなり、動作が不安定になる一因となりえます。
[X] フォルダの実体ファイルが「容量が4GBを超えている（約10GB）」のような状態になっているということは、[X] フォルダを選択して読み込むとき、約 10 GB のテキストファイルを開くのと同じような動作がそのつどおこなわれることになります。（実体ファイルの変化にともなって、msf ファイルの更新もおこなわれます。）
システム側の条件によっては、かなりの高負荷をともなうかもしれません。そもそも、システム側でユーザーが使用可能なドライブ領域が制限されているようなケースでは、ほとんど飽和状態になっている可能性も考えられそうです。
特殊な事例を挙げれば、メールの保存先を外付けハードディスクなどに置き、そのハードディスクのファイルシステムが FAT32 なら、ファイルシステムの制約（１ファイルの上限 4 GB）は発生し、様ざまな障害を誘発しやすくなります。
そういう背景事情から何らかの不具合が起こったのかもしれません。そのあたりのシステム上の事柄で気づくことはありますでしょうか。
（対策１）
問題が起こった「新しいフォルダー」の名称が「Backup」なら、プロファイルフォルダ内の当該場所には Backup というファイル（拡張子なし）が存在するはずです。
冒頭で述べたように、このファイルは単純なテキストデータなので、テキストエディタで開いて編集できます。したがって、Backup ファイルの中味を、適当な区切りのところでコピーし、別のテキストファイルにペーストして保存する動作をくり返せば、複数のファイルに分割することができます。これらのファイルを Thunderbird のプロファイルの当該場所に配置すれば、Thunderbird を起動したときそれぞれフォルダとして認識されます。
ただし、注意点があります。
10 GB 近いテキストファイルを開いてギガバイト級のデータのコピー＆ペーストを確実におこなえるテキストエディタが必要でしょう。誤った操作をすれば、最悪の場合 Backup ファイルを丸ごと失う可能性もあります。
実際のメールの状態によりますが、保存する際の文字コードの扱いに注意が必要になると思います。
（対策２）
「Inboxにたまったメールを新しいフォルダーを作って移し替えた」結果、「このフォルダーのメールが読めなくなりました．容量が4GBを超えている（約10GB）」であるなら、そもそも Inbox に「容量が4GBを超えている（約10GB）」を上回る容量のメールデータが保存されていた、とも考えられます。
そして、そのときの Inbox は正常に読めたのであれば、移動作業の結果、プロファイル内のメールデータの総容量を極端に肥大化させ、システムの負荷を高めてしまった可能性も考えられます（下記参照）。
この状況を仮定した場合、十分な余力のあるシステム環境に Backup ファイルを移し、その環境にある Thunderbird のプロファイルに入れることで、ひとまず読み込み可能な状態にできるかもしれません。それができれば、Thunderbird 上で複数のフォルダに分割することも可能になると思われます。あとは逆の順序で元の環境に戻せるでしょう。
（重要な補足説明）
Thunderbird 上でのメールデータの削除、フォルダ間の移動は、削除または移動したメールが元のフォルダに表示されなくなっても、それは削除や移動のフラグが付いて非表示になっただけで、その時点ではデータ自体はまだ残っています。
例えば、[受信トレイ] に 10 GB 分のメールデータが保存されていたとして、これを全部 [Backup] フォルダに移動した場合、[受信トレイ] にはメールがなくなったように見えて、移動フラグが付いて非表示になった 10 GB 分のメールデータが [受信トレイ] の実体ファイルには残っており、[Backup] フォルダに移動した 10 GB と合わせて、プロファイル内には 20 GB のメールデータが存在することになります。
削除や移動のフラグが付いたメールデータを完全に抹消するには、フォルダの [最適化] をおこなう必要があります。
通常、フォルダの最適化は、[オプション] -> [詳細] -> [ネットワークとディスク領域] -> [ディスク領域] -> [ディスク領域を合計 ** MB 以上節約できるときはフォルダーを最適化する] の設定条件に従って自動的に実行されますが、メニューやツールバーに配したアイコンから任意に実行することも可能です。
この設定を無効にした状態でメールの削除や移動を大量におこなうと、実際にプロファイル内に保存されているメールデータの総容量は、その「大量」の度合に応じて一気に増えます。
とりあえず以上です。的外れな話になっていたらすみません。
（おことわり）
現在、健康上の制約により不定期な書き込みしかできなくなっています。すぐに応答できない場面がかなり多くなりますことを、ご容赦ください。
[color=blue]※質問するときは、「フォーラムの利用に関するご案内」、とりわけ「質問するときは」に目を通し、OS の種類や Thunderbird のバージョン、アカウントの種類（IMAP か POP か）といった使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。[/color]
【重要】
「メールが消えた」系の問題が起こったときは、最優先でプロファイルのバックアップを確保することをお勧めします。
その症状を生み出した原因が不明な段階で、あやふやな理解のままプロファイル内をいじり回すと、自らトドメを刺してしまうことがあるからです。
日常的にバックアップを取っているのなら、直近のバックアップが復旧へのセーフティネットになると思います。
（参考）・Thunderbird のプロファイル | Thunderbird ヘルプ
https://support.mozilla.org/ja/kb/profiles-where-thunderbird-stores-user-data
Thunderbird が保存しているメールデータの保存形式は mbox 形式なので、原則的にはテキストエディタで編集可能です。
しかし、いまある情報だけでは不確かな要素があるので、確認を兼ねていくつか書かせていただきます。
[quote]Inboxにたまったメールを新しいフォルダーを作って移し替えたのですが，[/quote]
この操作は、Thunderbird 上でおこなったということですよね。
ここでは、「新しいフォルダー」を、仮に [X] と呼んでおきます。
（補足）
英語版 Thunderbird のフォルダペインに存在する Inbox フォルダは、日本語版では [受信トレイ] と表示されます。
[受信トレイ] の実体は、プロファイルフォルダ内にある Inbox という拡張子のないファイルです。
[quote]このフォルダーのメールが読めなくなりました．[/quote]
「Inboxにたまったメール」を、[X] フォルダに移動させているとき、あるいは移動を完了した直後は、[X] フォルダに移したメールは問題なく読めたのでしょうか。
[X] フォルダ自体は存在するとして、「読めなくなりました」というのは、
（a）このフォルダを選択してもスレッドペインにはメール一覧が表示されない、ということですか。
（b）スレッドペインにメール一覧は表示されるが、どれを選択しても下段のメッセージペインに内容が表示されない、という意味ですか。
（c）その他の状況
[quote]容量が4GBを超えている（約10GB））ためでしょうか？[/quote]
[X] フォルダが、その容量を持っているということですよね。
どこを見て、「容量が4GBを超えている（約10GB）」と確認なさったのですか。
（d）プロファイル内にある [X] フォルダの実体ファイルを直接確認なさったのですか。
（e）[X] フォルダに対し [右クリック] -> [プロパティ] で開く [フォルダーのプロパティ] 画面ですか。
昔のバージョンでは、１フォルダに保存できる容量が制限されており、それが Windows 版では 4 GB でした。
現在のサポート内バージョンである Thunderbird 52.x 系では、この制限は解除されていますが、Thunderbird 上の１フォルダをシステム上では１ファイルで扱うというのが Thunderbird の標準仕様のため、１フォルダに大量のメールを溜め込み過ぎると、システム上のファイル容量がギガバイト級に肥大化しやすくなり、動作が不安定になる一因となりえます。
[X] フォルダの実体ファイルが「容量が4GBを超えている（約10GB）」のような状態になっているということは、[X] フォルダを選択して読み込むとき、約 10 GB のテキストファイルを開くのと同じような動作がそのつどおこなわれることになります。（実体ファイルの変化にともなって、msf ファイルの更新もおこなわれます。）
システム側の条件によっては、かなりの高負荷をともなうかもしれません。そもそも、システム側でユーザーが使用可能なドライブ領域が制限されているようなケースでは、ほとんど飽和状態になっている可能性も考えられそうです。
特殊な事例を挙げれば、メールの保存先を外付けハードディスクなどに置き、そのハードディスクのファイルシステムが FAT32 なら、ファイルシステムの制約（１ファイルの上限 4 GB）は発生し、様ざまな障害を誘発しやすくなります。
そういう背景事情から何らかの不具合が起こったのかもしれません。そのあたりのシステム上の事柄で気づくことはありますでしょうか。
（対策１）
問題が起こった「新しいフォルダー」の名称が「Backup」なら、プロファイルフォルダ内の当該場所には Backup というファイル（拡張子なし）が存在するはずです。
冒頭で述べたように、このファイルは単純なテキストデータなので、テキストエディタで開いて編集できます。したがって、Backup ファイルの中味を、適当な区切りのところでコピーし、別のテキストファイルにペーストして保存する動作をくり返せば、複数のファイルに分割することができます。これらのファイルを Thunderbird のプロファイルの当該場所に配置すれば、Thunderbird を起動したときそれぞれフォルダとして認識されます。
ただし、注意点があります。
10 GB 近いテキストファイルを開いてギガバイト級のデータのコピー＆ペーストを確実におこなえるテキストエディタが必要でしょう。誤った操作をすれば、最悪の場合 Backup ファイルを丸ごと失う可能性もあります。
実際のメールの状態によりますが、保存する際の文字コードの扱いに注意が必要になると思います。
（対策２）
「Inboxにたまったメールを新しいフォルダーを作って移し替えた」結果、「このフォルダーのメールが読めなくなりました．容量が4GBを超えている（約10GB）」であるなら、そもそも Inbox に「容量が4GBを超えている（約10GB）」を上回る容量のメールデータが保存されていた、とも考えられます。
そして、そのときの Inbox は正常に読めたのであれば、移動作業の結果、プロファイル内のメールデータの総容量を極端に肥大化させ、システムの負荷を高めてしまった可能性も考えられます（下記参照）。
この状況を仮定した場合、十分な余力のあるシステム環境に Backup ファイルを移し、その環境にある Thunderbird のプロファイルに入れることで、ひとまず読み込み可能な状態にできるかもしれません。それができれば、Thunderbird 上で複数のフォルダに分割することも可能になると思われます。あとは逆の順序で元の環境に戻せるでしょう。
（重要な補足説明）
Thunderbird 上でのメールデータの削除、フォルダ間の移動は、削除または移動したメールが元のフォルダに表示されなくなっても、それは削除や移動のフラグが付いて非表示になっただけで、その時点ではデータ自体はまだ残っています。
例えば、[受信トレイ] に 10 GB 分のメールデータが保存されていたとして、これを全部 [Backup] フォルダに移動した場合、[受信トレイ] にはメールがなくなったように見えて、移動フラグが付いて非表示になった 10 GB 分のメールデータが [受信トレイ] の実体ファイルには残っており、[Backup] フォルダに移動した 10 GB と合わせて、プロファイル内には 20 GB のメールデータが存在することになります。
削除や移動のフラグが付いたメールデータを完全に抹消するには、フォルダの [最適化] をおこなう必要があります。
通常、フォルダの最適化は、[オプション] -> [詳細] -> [ネットワークとディスク領域] -> [ディスク領域] -> [ディスク領域を合計 ** MB 以上節約できるときはフォルダーを最適化する] の設定条件に従って自動的に実行されますが、メニューやツールバーに配したアイコンから任意に実行することも可能です。
この設定を無効にした状態でメールの削除や移動を大量におこなうと、実際にプロファイル内に保存されているメールデータの総容量は、その「大量」の度合に応じて一気に増えます。
とりあえず以上です。的外れな話になっていたらすみません。
（おことわり）
現在、健康上の制約により不定期な書き込みしかできなくなっています。すぐに応答できない場面がかなり多くなりますことを、ご容赦ください。
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