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HOKKA さん、情報をありがとうございます。

以前からアドオン SmartTemplate4 を使用しています。

テンプレートと署名の間に   が１文字挿入されて邪魔に思っていたのですが、これが原因でした。
Thunderbird 52.2.1 では問題にならなかったのですが、52.3.0 では UTF-8 に変更されていたようです。

プレーンテキストメッセージに等幅フォントを使用すると、半角英数字フォントが ISO-2022-JP と UTF-8 では変わってきます。
ISO-2022-JP では "MS Gothic" になりますが、UTF-8 では "Courier New" になります。

"Courier New" だと全角文字とズレてしまうのと、明朝に似ていて見づらいので UTF-8 の使用を避けていました。
これを機に UTF-8 の半角英数字フォントを "MS Gothic" に変更して、UTF-8 を使用することにしました。

プレーンテキストメッセージに等幅フォントを使用した場合、UTF-8 の半角英数字フォントは以下の設定で指定されているようです。
user_pref("font.name.monospace.x-unicode", "MS Gothic");

Windows 10 Pro (64 ビット)
Thunderbird 52.3.0 (32 ビット)

同様の設定をしているのですが、似た現象が発生していました。
設定にかかわらず、送信メールがUTF-8に変わることが、しばしば発生しました。

JISコードで表現できない文字があればUTF-8になるのはわかるのですが、普通の日本語の文字だけでしばしばUTF-8になってしまいます
いろいろと試していて、半角スペースの入力方法で発生が変わることがわかりました。

MS-IMEは、スペースは「常に半角」の設定にしています。
(1)MS-IMEがオンの状態で半角スペースを複数連続して入力した部分を含む、日本語文書だと送信するとUTF-8に変わります。
(2)(1)と全く同じ文書をテキストエディタで作成して、メール作成ウィンドウに貼り付けるとJISコードのままです。
(3)半角スペースはMS-IMEがオフの状態で打ち込むようにして、それ以外は(1)と同じ文書の場合はJISコードのままです。
(4)Google日本語入力で、スペースは「常に半角」に設定して、日本語入力オンの状態で(１)と同じ文書を入力した場合はJISコードのままです。

私の環境では、MS-IMEがオンの状態で、半角スペースがキーボードから入力されたらUTF-8に変わってしまうようです。
今のところGoogle日本語入力を使って問題を回避できています。

Windows 7 Pro (64 ビット)
Thunderbird 52.3.0 (32 ビット)

Thunderbird を 52.2.1 から 52.3.0 に更新しました。
それで気付いたのですが、送信メールのエンコーディングが UTF-8 になります。

52.2.1 は「日本語 (ISO-2022-JP)」で送信できていました。
送信テキスト形式は、「可能な限りプレーンテキストでメッセージを送信する」を使用しています。

オプション > 表示 > 書式 > フォントと配色 > 詳細設定 >> フォントと文字エンコーディング > テキストエンコーディング の「送信メッセージ」と「受信メッセージ」はどちらも「日本語 (ISO-2022-JP)」に設定しています。

「可能であれば返信メッセージ・・・」も、チェックを入れています。

作成ボタンから新しいメッセージを作成して自分宛に送信しますと、届いたメールのエンコーディングが UTF-8 になっています。
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8
Content-Language: en-US
Content-Transfer-Encoding: 8bit

ISO-2022-JP で届いているメールを、返信ボタンから編集して自分宛に送信しますと、届いたメールのエンコーディングが UTF-8 になっています。
Content-Type: text/plain; charset=iso-2022-jp
Content-Transfer-Encoding: 7bit
V
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8
Content-Language: en-US
Content-Transfer-Encoding: 8bit

オプションの項目か、設定エディタの内容から修正可能なことでしょうか？