[quote="BINTARO"]自宅と職場でthunderbirdを使用しています。今回は職場での不具合についての質問です。[/quote][quote="BINTARO"]自宅のThunderbiridでも同様のメッセージフィルタを作成・実行したことはありますが、このような事象が発生したことはありません。[/quote]
職場のメール環境とご自宅のメール環境の違いは洗い出せていますか。
例えば、問題の起こったアカウントが IMAP か POP かという違いから、導入されているセキュリティ対策などの差異、アドオン（拡張機能）の導入状況などといったことです。

Thunderbird が職場で指定されたメールクライアントである場合、その法人固有の運用条件が課せられていることがあります。
このようなときは、システム管理者かそれに準じる人（または外部の委託業者？）に尋ねることを優先してください。

[quote="BINTARO"]（1）最初のメッセージフィルタを作成
受信トレイに新規フォルダAを作成し「送信先に特定ドメイン・アドレスが含まれるメッセージをフォルダAに移動」という条件のフィルタを作成。
すぐに実行したところ、フィルタ条件に該当しない「先々週以前の受信メール」が消失しました（受信トレイから消えた）。

（2）2つめのメッセージフィルタを作成
受信トレイに新規フォルダBを作成し「送信先に特定アドレスからのメッセージをフォルダBに移動」という条件のフィルタを作成。
すぐに実行したところ、フィルタ条件に該当しない「先週以前の受信メール」が消失しました（受信トレイから消えた）。[/quote]
フィルタ条件に一致したメッセージは、目的どおりに移動できたのですか。

「消失しました（受信トレイから消えた）」というのは、文字通りどこにも存在しなくなったという意味ですか。それとも、[ゴミ箱] 等に強制移動させられたといった意味ですか。

「（1）最初のメッセージフィルタを作成」の条件下では、「先々週以前の受信メール」が、「（2）2つめのメッセージフィルタを作成」の条件下では「先週以前の受信メール」が、それぞれ消失の対象となったということだとすると、期間による削除または移動の動作がおこなわれたことになります。
「フィルタ条件に該当しない」と仰っているので、このような期間に関わるフィルタ条件は施しておられないと思いますが、可能／不可能でいえば、フィルタ条件で、
[送信日] -- [が次の日付以前] -- [<具体的な年月日＝例：2017/03/31>]
[送信日からの日数] -- [が次の値を超える] -- [<具体的な数値＝正の整数>]
―― といった設定を施すことは可能です。
ただし、このあたりの条件設定をいっさい施していないのなら、フィルタ条件にまったく該当しない「先々週以前の受信メール」や「先週以前の受信メール」が消えることは考え難いです。

実際に、どんなメッセージフィルタの条件を設定なさったのですか？　具体的なフォルダ名やドメイン、アドレスはダミー文字に置き換えてご提示いただいたほうがいいように思います。
--------------------------------------------------------------------------------
フィルタ名(I):[　　　　　]

フィルタを適用するタイミング:
　□手動で実行する
　□新着メール受信時:　[迷惑メール分類 <前／後> に実行]
　□アーカイブ時
　□メール送信後

○すべての条件に　　○一致いずれかの条件に一致　　○条件なし
（条件付け）
[対象１] -- [選択条件] -- [具体的な文字列など]
[対象２] -- [選択条件] -- [具体的な文字列など]
　：

以下の動作を実行する(P):
[動作の種類１] -- [移動先や動作選択などの具体的内容]
[動作の種類２] -- [移動先や動作選択などの具体的内容]
　：

--------------------------------------------------------------------------------

本件とは原因が違うかもしれませんが、フォーラム内の過去トピックに似たようなタイトルのトピックがあります。参考にしてみてください。
（参考）
・[解決済み] メッセージフィルタをかけたらメールが消えました
http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?f=3&t=10977

あと推測できるとしたら、すでに対象の [受信トレイ] が飽和状態になっているなど、何らかの潜在的な障害が水面下で起こっていたタイミングで、メッセージフィルタを実行した結果、それがトリガーになって Thunderbird 上の [受信トレイ] 内の表示状態に異常が起こってしまったようなケースでしょうか。
対象の [受信トレイ] の状態は、フォルダを右クリックして [情報を見る] から開く [フォルダの情報] 画面で確認できます。とくに [ディスク上のサイズ] に注意を払ってください。

とりあえず以上です。的外れな話だったらすみません。


（お断り）
当方の諸事情により、今まで以上に不定期な応答しかできなくなります。
即答を期待されても、それに応えられない場面が多くなりますので、ご容赦ください。

自宅と職場でthunderbirdを使用しています。今回は職場での不具合についての質問です。

【利用環境】
●Mac OS 10.8.5
●thunderbird 45.8.0

（1）最初のメッセージフィルタを作成
受信トレイに新規フォルダAを作成し「送信先に特定ドメイン・アドレスが含まれるメッセージをフォルダAに移動」という条件のフィルタを作成。
すぐに実行したところ、フィルタ条件に該当しない「先々週以前の受信メール」が消失しました（受信トレイから消えた）。

（2）2つめのメッセージフィルタを作成
受信トレイに新規フォルダBを作成し「送信先に特定アドレスからのメッセージをフォルダBに移動」という条件のフィルタを作成。
すぐに実行したところ、フィルタ条件に該当しない「先週以前の受信メール」が消失しました（受信トレイから消えた）。


自宅のThunderbiridでも同様のメッセージフィルタを作成・実行したことはありますが、このような事象が発生したことはありません。

対処法のご教示をお願いいたします。