[color=#006600]＊質問・投稿する前に、製品のヘルプ、このフォーラム内を検索・閲覧して該当項目や
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　した上で、それに沿って投稿しましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後は放置せずに、結果や経緯を必ず書くようにし
　ましょう。
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[quote="nyoro2"]2年分のメールを受信トレイに残していましたが、昨日気が付くと2週間分程度を残して過去のメールが全て消えていました。。。[/quote]
直接な解決方法ではありません。
なぜなら原因となる可能性は多岐にわたるからです。

どのような設定にされているかが不明ですので、点検してみる箇所を次に列挙してみます。
参考にしてみてください。

[Thunderbird 側]
・フォルダの [プロパティ] > [保管ポリシー] の設定内容
・アカウント設定の [同期とディスク領域] > [ディスク領域] の設定内容（IMAP アカウント）
・メッセージフィルタの設定条件内容
・要約ファイルの不整合、破損による消失トラブル > 「最適化」や「フォルダを修復」の実行
・アドオンの正常動作、不正動作によるもの > Thundrbird のセーフモード起動で点検
・Thunderbird のプロファイルの破損、ダメージなど > 新規プロファイルの適用・移行
・Thunderbird のインストールやプロファイルを標準以外の場所に置いている

[attachment=1]フォルダのプロパティ00.png[/attachment]
[attachment=0]アカウント設定-ディスク領域00.png[/attachment]
[参照]
[url=https://support.mozilla.org/ja/kb/compacting-folders]フォルダの最適化 | Thunderbird ヘルプ[/url]
[url=https://support.mozilla.org/ja/kb/safe-mode]Thunderbird のセーフモード | Thunderbird ヘルプ[/url]
[url=https://support.mozilla.org/ja/kb/using-multiple-profiles]複数のプロファイルを使用する | Thunderbird ヘルプ[/url]

[サーバ側]
・サーバの保管容量制限によるもの
・サーバの仕様変更、障害、トラブル
・サーバ側のフィルタ機能の設定内容
・サーバ上で誤って削除した

[その他]
・セキュリティ対策ソフトの各種設定によるもの
・OS 上の各種カスタマイズ、障害によるもの
・OS 上の保管容量制限を超えたため
・HDD などの保管メディアのエラー、障害、事故によるもの


【補足】
「2週間分程度を残して過去のメールが全て消えていました」という現象からすると、POP
アカウントの設定にある [ダウンロードしてから 14 日以上経過したメッセージは削除する]
（初期デフォルト）が怪しいと推察しますが、IMAP アカウントならば異なります。

2年分のメールを受信トレイに残していましたが、昨日気が付くと2週間分程度を残して過去のメールが全て消えていました。。。
自分で消した記憶もないのでどこかの設定を変更してしまったのではないかと推測しておりますが、解決法をご存じの方がいらっしゃいましたらご教示ください。

宜しくお願いいたします。


環境
OS：Windows8.1
Version:Thunderbird 45.4.0
IMAP