ありがとうございます。
そのご、「フォルダを修復」を実施すればwdseｍｌがちゃんと作れることが分かりました。
他のメーラーから移行していた際に、Windows検索機能をONにしたりOFFにしたりしていたのがいけなかったようです。

3週間くらい他のメーラーからMaildir形式でIMAPを利用していますが、今なところメールが見えなくなったとかといった
クリティカルな症状は無く、快適に利用できています。

横から失礼します。

Thunderbird のメッセージ格納形式である maildir 形式の問題は、WADA さんが仰っているとおりだと、ぼくも思います。
（余談）
個人的には、maildir 形式が初めて公開されたときにテスト用プロファイルで試したことがあるだけなので、現在の Thunderbird には当てはまらないかもしれませんが、少なくともそのときは安定性に難を感じたので、いまも常用環境では標準の mbox 形式を使っています。

もうひとつ、Windows Search との連携についても、けっこう問題はあるようです（とくに Windows 8 以降の OS で...？）。mbox 形式で使っている場合でも当てはまることが多いようですから、いまだ不安定な maildir 形式であれば、なおさらなのかもしれません。
（参考）・Bugzilla 検索結果（Windows + Search）
https://bugzilla.mozilla.org/buglist.cgi?quicksearch=Windows+Search

「Windows Search によるメッセージの検索を許可する」の機能は、Thunderbird と Windows OS の機能が連携しておこなわれるものなので、問題の主原因が Thunderbird にある場合と、Windows 側にある場合、両者の連携に問題が起こっている場合などがあるようです。

補足というか蛇足というか、ご希望の解決には結びつかない話で申し訳ないですが、以上です。

[quote="rosolino"]Ｗｉｎ７ Ent 64Bit で45.4をＭａｉｌｄｉｒで利用しています。
この度、Windows Searchでメールを検索したいと思い、オプションでWindows Searchでの検索にチェックを入れました。
しかしながら、mozmsgsフォルダを見てみると対応するメールボックスにあるメール数に比べてごくわずかなwdseｍｌファイルしかできていなく、その結果、メールもWindows Searchで来ません。
wdsemlファイルが作られるタイミングはいつなのでしょうか？[/quote]
Maildirの形式(1メールに対して1UnixMbox形式ファイル)は、一度、デベロッパーが、もう使える、と誤った判断をして、途中のリリースで、UIから簡単に設定できるようにしてしまい、あわてて、UIから簡単に設定できるようにするのを止めた、というものです。
単に、Maildirの時には、Windows Search Integrationの為にmozmsgsフォルダの中にwdsemlファイルを書く、という機能が、まだまともに動かない、ということでしょう。

まだ開発途中の試験のための機能ですから、Bugzilla.Mozilla.Orgをよく見て、自責でお使いになり、必要ならば、Bugzilla.Mozilla.Orgにご自分でバグを開き、デベロッパーにコードの修正を依頼してください。

[追記]
Bugzilla.Mozilla.OrgのMaildirに関係するバグでは、バグサマリーに「maildir」をできるだけ入れるようにしていますから、バグサマリーにmaildirがあるものを、オープン中のものもクローズ済みのものも含めて全部検索すれば、かなりがヒットしてきます。
また、Maildirに関係するバグへのポインターである「メタバグ(Meta Bug)」も、簡単にヒットします。
検索しても既にバグがオープンされていなかったら、ご自分でバグを開いてください。
[追記終わり]

Ｗｉｎ７ Ent 64Bit で45.4をＭａｉｌｄｉｒで利用しています。

この度、Windows Searchでメールを検索したいと思い、オプションでWindows Searchでの検索にチェックを入れました。
しかしながら、mozmsgsフォルダを見てみると対応するメールボックスにあるメール数に比べてごくわずかなwdseｍｌファイル
しかできていなく、その結果、メールもWindows Searchで来ません。

wdsemlファイルが作られるタイミングはいつなのでしょうか？