自分の環境でも発症しており､自己解決したので参考で紹介します｡

環境 Thunderbird 38.5.1 [ OS X 10.11 El Capitan ( OS X 10.11.2) ]

対応 ; 辞書『[url=https://addons.mozilla.org/ja/thunderbird/addon/united-states-english-spellche/]United States English Spellchecker[/url] バージョン8 』を『無効』にする｡
　　　　　　或いは､ バージョン 8 → 7.0.1 へのバージョンダウン｡

実際のところ､上記 辞書は いつ入れたのか記憶が有りません^_^;｡

※ 今までのスペルチェッカー は ON状態のままです｡


まぁ､参考って事でお願い致します｡

[color=#0000ff]まずは使用環境(OSの種類、Thunderbirdのバージョン、アドオンがあればその名前)をお書きください。
Thunderbirdのバージョンは枝番(38.5.0のような）まで含めて書いて下さい。[/color]
[quote="sitll user"]2016年1月にversion 38に更新したら、日本語の自動スペルチャックが働き、辞書がないので、エラーだらけ(日本語部分に赤波下線）になります。
これは修正されるべきだと思います。[/quote]
Windows8.1+Thunderbird38.5.0環境で、オプション>編集の「自動スペルチェックを有効にする」にチェック入った状態ですが再現しませんでした。

以前はこのような状況にはならなかった、ということであれば、アドオンや個人の環境に原因があるかもしれないので、まずは定石的なトラブルシューティングを勧めます。
[list]
[*]セーフモードを試す
[url=https://support.mozilla.org/ja/kb/safe-mode]Thunderbird のセーフモード | Thunderbird ヘルプ[/url]
これで改善されれば、インストールしているアドオンのどれかに問題があると考えられます。
[*]新規プロファイルの作成、適用
[url=https://support.mozilla.org/ja/kb/using-multiple-profiles]複数のプロファイルを使用する | Thunderbird ヘルプ[/url]
これで改善されれば、使用中のプロファイルにそのような問題が内包されていると考えられます。[/list]

これらでも改善されない場合、Thunderbird本体の可能性も探ることになると思いますが、ここは改善要望を行う場ではありません。
要望出す場合は、再現環境や手順を添えて[url=https://bugzilla.mozilla.org/]Bugzilla[/url]へどうぞ。

以下のトピックと同じ方でしょうか？
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=15859&p=56901#p56901]MozillaZine.jp フォーラム ・ トピック - 先日、いきなり文章を打ち込むと、普通の文章なのに、下に波線がでました。[/url]

2016年1月にversion 38に更新したら、日本語の自動スペルチャックが働き、辞書がないので、エラーだらけ(日本語部分に赤波下線）になります。
これは修正されるべきだと思います。

自動スペルチェックは、英文のチェックのためにも、外したくありません。

このままだと、thunderbirdから他のメールソフトに変更せざるを得ません。