「フォルダの修復」で「未読」になる事は、多いです。
過去のメールが未読になるので、あまり業務に支障はきたしていません。

フォルダの最適化、修復を行いましたが、改善されませんでした。
再インストールを行った所、勝手に未読になる現象と
過去のメールが重複する現象は発生していません。

上記の現象が、約３台発生しているためしばらく様子を見てみます。
ありがとうございました。

横から失礼します。

WADA さんが書かれていることに関連して、以前同じような症状に遭遇しました。
そのとき試したことで、個人的に把握していることを参考までに書かせていただきます。

【概要】
ぼくがこの問題に気がついたのは、 Thunderbird 17.0.x ESR のころで、Thunderbird 10.0.x ESR では発生していなかったことを確かめています。
Bug 840418 でも触れられているように 11.0 から 12.0 のあたりに発生したバグかもしれませんが、当方の環境でテストした範囲では次のような発生機序を確認しました。
　（環境条件＝ Windows XP SP3 (32bit) + Thunderbird 17.0.x ESR / 24.2.0）

【確認した流れ】
ある POP アカウントの [受信トレイ] に対し、右クリックから [プロパティ] -> [一般情報] -> [フォルダを修復] を実行したとき、[受信トレイ] 内に存在し既読になっていたメッセージのいくつかが [未読] になる現象に遭遇しました。
すべてのメッセージがそうなるわけではなく、[既読] のまま変化のないものと [未読] になってしまうものの違いがありました。なぜそうなるのかを確かめたくてテストを繰り返した結果、次のような手順で再現性を確認できました。

（1）これまで受信したメッセージを他のフォルダに移し、[最適化] を実行して試験環境として整えた [受信トレイ] に、複数のメッセージを受信しました。
スレッドペインでそれらがすべて [未読] の状態であることを確認した上で、フォルダペインで [受信トレイ] を選択して右クリックから [フォルダを既読にする] を実行し、スレッドペインですべてのメッセージが [既読] になったことを確認したあと、Thunderbird を終了します。

（2）メッセージデータの実体（[受信トレイ] なら Inbox ファイル）をテキストエディタで開いて確認すると、すべてのメッセージの X-Mozilla-Status が 0000 となっていました。
しかし、再度 Thunderbird を起動して見ると、スレッドペインではすべて [既読] となってます。

（3）この状態で [フォルダを修復] を実行すると、これらのメッセージ群はすべて [未読] に戻りました。
[size=12]　　｜ [フォルダを修復] は、メッセージデータの実体から要約ファイル（*.msf）を再構築するものですから、
　　｜ X-Mozilla-Status: 0000 になっている実体ファイルのステータスが msf ファイルに、
　　｜ ひいてはスレッドペインの表示に反映されたのだと考えられます。[/size]

（4）[未読] に戻ったメッセージの半数を、スレッドペインで直接選択するか、右クリックから [マーク] -> [既読にする] を実行し[b]（a）[/b]、残った [未読] メッセージは再びフォルダを選択して右クリックから [フォルダを既読にする][b]（b）[/b]で [既読] 化しました。
この状態でメッセージデータの実体をテキストエディタで開いて確認すると、ステータスは次のようになっていました。
（a）のメッセージ群　＝　X-Mozilla-Status: 0001
（b）のメッセージ群　＝　X-Mozilla-Status: 0000
スレッドペインではすべてのメッセージが [既読] になってはいますが、実体ファイルのステータスには明らかな違いがありました。

（5）さらに、この状態から再度 [フォルダを修復] を実行すると、（b）のメッセージ群だけが [未読] に戻り、（a）群は [既読] のままでした。

これらのことから、[未読] を [既読] にする方法はいくつかあるものの、少なくともフォルダの右クリックから [フォルダを既読にする] で [既読] 化したメッセージは、[フォルダを修復] を実行したとき [未読] に戻ることがわかりました。
[size=12]　　| フォルダを右クリックしての [フォルダを既読にする] は、実体ファイルのステータスを書き換えず、
　　| msf ファイルだけを書き換えているように見受けられます。
　　| msf ファイルの Mork 形式を読み解く能力はないので、どこがどうとはいえないのですが、
　　| [既読] 化の方法の違いによって msf ファイルの内容にも差が生じているようでした。[/size]

【追補】
新着の未読メッセージだけで起こる問題かどうかを確かめるため、次のような手順も試しました。
（i）どのような方法であれ一度 [既読] になったメッセージを、右クリックからの [マーク] -> [未読にする] で [未読] 化できます。
（ii）このとき、実体ファイルのステータスは X-Mozilla-Status: 0000 になります。
（iii）ここで [フォルダを既読にする] を実行すると、[未読] 化したメッセージのステータスは X-Mozilla-Status: 0000 のまま、スレッドペインの表示は [既読] になります。
（iv）この状態で [フォルダを修復] を実行すると、上記のメッセージが [未読] に戻ります。

【推測】
各メッセージのステータスを管理するのは、実体ファイル内の X-Mozilla-Status や X-Mozilla-Status2 なので、ここを適切に扱えない [フォルダを既読にする] の実行プロセスに不具合があるのでは、と思われます。

【本件の状況】
上記は、[フォルダの修復]（＝ msf ファイルの再構築）がおこなわれた場合に発生する話です。
ご質問の件では、どのような条件下で発生しているのか今の時点では具体的なことはわかりませんが、[フォルダを既読にする] で [既読] 化されたメッセージが、[フォルダの修復] に相当する何らかの動作が自動的に実行されたタイミングで、この現象が発生しているのかもしれません。

【さしあたっての回避策】
[フォルダの修復] で [未読] に戻るケースにおいては、経験している範囲ではメッセージの消失といった深刻な実害はなく、ただ [既読] メッセージが不用意に [未読] に変化するだけの現象です。しかし、ユーザーにとっては不安材料になると思います。
この現象が起こったき、[未読] になったメッセージを全選択し、右クリックから [マーク] -> [既読にする] を実行して [既読] 化しておく（確実に X-Mozilla-Status: 0001 とする）ことで、少なくとも当方では再発を予防できました。

HiRO486831 さんのところで起こっている問題へのストレートな解決策ではないかもしれませんが、参考情報として書いておきます。的外れだったらすみません。

　
後日で結構ですので、しばらく様子を見た結果の改善の有無について、そして、基本的・定石的な
トラブルシューティング対処にまで進行した際は、その結果も、ぜひ教えてください。

サブフォルダーを折りたたんだ時に、子供のフォルダーの未読数も表示され、統合フォルダやFavariteフォルダーなどだと、おかしな未読数が表示されることになる、という、表示される未読数の問題ではなく、
あるメールが、既読にしたはずなのに、突然未読になる、という現象であると仮定します。

未読⇒既読は、どのようにして行っていますか？
メニューの「既読にする」だと、X-Mozilla-Status:ヘッダーの「既読」のフラッグが書かれないので、、「フォルダを修復」(Repair Folder/Rebuil ndex)が入ると未読に戻る、という[url=https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=840418]Bug 840418[/url]の問題ではないですか？

「フォルダの最適化」、「フォルダを修復」を行いましたので、しばらく様子を見てみます。

色々と情報ありがとうございました。

　
まず、訂正です。
「最適化」のデフォルト設定値は、20MB でした。

[参照] この機会に、ぜひ通読されてください。
[url=https://support.mozillamessaging.com/ja/kb/compacting-folders]フォルダの最適化 | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ[/url]


次に、POP アカウントで起きている問題と、アドオンについて了解しました。

受信トレイの直下とは、受信トレイのサブフォルダではなく、受信トレイと並列の場所に作成
した振り分け用のフォルダですね。

「フォルダを修復」は、受信トレイなどの該当フォルダを選択し、右クリックでプロパティの
選択・実行で開くダイアログウィンドウの [一般情報] タブ内の下段にあります。

メッセージフィルタの条件設定には、メッセージを未読にする項目もあるのですが、これは関係
していませんか？

基本的・定石的なトラブルシューティング対処は、「フォルダの最適化」や「フォルダを修復」
をおこなっても改善効果がない場合に、おこなってみてください。

>そのアカウントは、POP ですか？ IMAP ですか？

POPです。

>何かアドオンをインストールしていますか？
下記のアドオンを使用しています。

Addressbooks Synchronizer　1.0.7
Confirm-Address　1.2.6

>「最適化」は、おこなっていますか？

「フォルダの最適化」を行っています。

「フォルダを修復」とは、どこから実行しますか。


受信トレイの未読メールについて

環境は上記と同様です。

>「受信トレイの直下」とは、具体的に、どこの場所ですか？

Thunderbirdの左のウィンドウのアカウントの下に、受信トレイ、下書き、テンプレート、送信済みトレイ、
ごみ箱と表示されている箇所です。
受信トレイの下に、フォルダを作成しメールの仕分けを行っています。


[b]基本的・定石的なトラブルシューティング対処方法を行ってみます。[/b]

　
[color=#006600]＊質問・投稿する前に、サポートサイトやヘルプ、このフォーラム内を検索・閲覧して
　該当項目、同類・類似事例がないか、確認してみましょう。
　また、広くインターネット上でも、同類・類似事例がないか、調べてみましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後は、放置せずに、結果や経緯を必ず書くように
　しましょう。ここは、ユーザ同士で、各種情報・事例を、シェアする場です。[/color]　
　
　
[quote="HiRO486831"]Thunderbird使用中に、突然未読メールが何十通と増える場合があります。
確認すると、受信日は２か月以上前のメールが既読から未読に変わっていました。[/quote]
そのアカウントは、POP ですか？ IMAP ですか？
何かアドオンをインストールしていますか？

「最適化」は、おこなっていますか？
（標準設定ならば、30MB のサイズで、最適化を実行するかどうかのダイアログが
表示されます）

「フォルダを修復」をおこなっても再現するかどうか、しばらく様子を観察して確
認してみてください。
　＃要約（インデックス）ファイルの不整合が起きている可能性が考えられます。


[quote="HiRO486831"]もう一つの現象としては、メッセージフィルタで特定のフォルダに振り分けた過去（２ヶ月以上前）のメールが
受信トレイの直下に未読メールで増えてしまうという現象も発生しています。[/quote]
「受信トレイの直下」とは、具体的に、どこの場所ですか？

そのアカウントは、POP ですか？ IMAP ですか？
何かアドオンをインストールしていますか？

「最適化」は、おこなっていますか？
（標準設定ならば、30MB のサイズで、最適化を実行するかどうかのダイアログが
表示されます）

「フォルダを修復」をおこなっても再現するかどうか、しばらく様子を観察して確
認してみてください。
　＃要約（インデックス）ファイルの不整合が起きている可能性が考えられます。


上記の対処でも再現する場合は、以下です。
以下の順番で、トラブルシューティングをおこなって、対処してみてください。
これでも問題が再現する場合は、Thunderbird 以外に原因がある可能性が、高いと思
われます。

[b][基本的・定石的なトラブルシューティング対処方法][/b]
以下の順番でおこない、その都度変化があるか、改善されたか、確認してみましょう。

１．Thunderbird のセーフモード起動
　　[color=#006600]＃アドオンを一時的に無効化する、診断モードです。[/color]
　　[color=#006600]＃これで問題が再現しなければ、ほぼアドオンが原因だと切り分けできます。[/color]
２．Thunderbird の新規プロファイルの「追加」作成と、その適用
　　[color=#006600]＃従前のプロファイルから、一切データ類を引き継がないで、真っ新な状態で、[/color]
　　　[color=#006600]再現の有無を確認するものです。[/color]
　　[color=#006600]＃これで問題が再現せず、正常ならば、従前のプロファイルに、何らかのダメ[/color]
　　　[color=#006600]ージがあったと切り分けできます。[/color]
３．Thunderbird の再インストール
　　[color=#006600]＃通常のアンインストール後に、インストールフォルダが残っていたら、それ
　　　も削除します。
　　　その後、PC 再起動後に、インストールをおこないます。[/color]
　　[color=#006600]＃これで問題が再現せず、正常であれば、本体側に何らかの問題があったと切[/color]
　　　[color=#006600]り分けできます。[/color]

[参照]
[url=http://support.mozillamessaging.com/ja/kb/safe-mode]セーフモード | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ[/url]
[url=http://support.mozillamessaging.com/ja/kb/using-multiple-profiles]複数のプロファイルを使用する | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ[/url]

Thunderbird使用中に、突然未読メールが何十通と増える場合があります。
確認すると、受信日は２か月以上前のメールが既読から未読に変わっていました。

サーバーにメッセージを残す設定は、１日にしてあります。

もう一つの現象としては、メッセージフィルタで特定のフォルダに振り分けた過去（２ヶ月以上前）のメールが
受信トレイの直下に未読メールで増えてしまうという現象も発生しています。
環境
OS:WinXP SP3
Thunderbird24.2.0

対応方法等ありましたら、ご教授下さい。