これではないでしょうか。

[url=https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=248808]Bug 248808 – Search/filter/mailview: "date", "is after" includes messages on date[/url]

他にも、関係ありそうなものがあるかも知れませんので、以下の修正・変更リストに
目を通しておくと、いいかも知れません。

[url=http://mozillazine.jp/?p=3840]MozillaZine.jp » Thunderbird 24 がリリースされた[/url]
[url=http://www.mozilla.org/en-US/thunderbird/24.0/releasenotes/buglist.html]Thunderbird Release Notes - Thunderbird Bug Fixes v.24.0[/url]

Mail Filterで、送信付きごとにフォルダーに自動選別しています。
例えば、11月のフォルダー入れるには、11/01以降、12/01以前と設定していました。
Version 17.XXまでは、これで正常に動作していました。

本日、11月1日、11月01日発信のメールが11月フォルダーに分類されません。
10月31日以降にすると、11月フォルダーに分類されます。
なお、日本時間の9時(０：００ GMT)以降のメールでも、分類されません。

プログラムの修正が必要と考えています。
仕様の変更があったのでしょうか？