[color=#006600]＊質問・投稿する前に、サポートサイトやヘルプ、このフォーラム内を検索・閲覧して
　確認してみましょう。
　また、広くインターネット上で、同類・類似事例がないか、調べてみましょう。
＊質問・投稿する前に [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用について[/url] をしっかり読んで、その内容を理解
　した上で、それに沿って投稿しましょう。
＊ご自分の利用環境として、正確な OS の種類と Thunderbird のバージョンぐらいは
　書き添えましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後は、放置せずに、結果や経緯を必ず書くように
　しましょう。ここは、ユーザ同士で、各種情報・事例を、シェアする場です。[/color]　
　
　
まず、以下のサポートガイドを参照して、対処してみましょう。
新規プロファイルを「追加」作成するのも、含まれます。
[参照]
[url=http://www.mozilla.jp/thunderbird/support/kb/002617]アカウント設定やオプションが保存されない | Thunderbird サポート[/url]


次に、質問についてです。

[quote="宮原雄治"]何か強制的にデータを記憶させる手段でもあるのでしょうか？[/quote]
ありません。

[quote="宮原雄治"]大体いつのタイミングでメッセージフィルタのデータが記憶されるのでしょうか？[/quote]
メッセージフィルタに、条件設定などを入力して、そのウィンドウを閉じた時点です。

[quote="宮原雄治"]もしかするとデータ量に制限がありますか？
（何しろ迷惑メールが多いもので．．．）[/quote]
不明です。


【お勧め】
迷惑メールが多いようならば、まずは「迷惑メールフィルタ」を利用してみてください。
それでもすり抜けて来る迷惑メールは、メッセージフィルタで、振り分け処理するように
二段構えにするといいでしょう。
そうすれば、メッセージフィルタの登録量も、管理上も、負担軽減されます。
[参照]
[url=http://www.mozilla.jp/thunderbird/support/tutorials/junk]迷惑メールフィルタ | 使い方ガイド | Thunderbird サポート[/url]

また、プロバイダ側（サーバ側）が、提供している迷惑メールフィルタ機能などと併用す
るのも有用です。
上手に組み合わせて、対処するのをお勧めします。

沢山迷惑メールが来るのメッセージフィルタに、いろいろな工夫をして登録してゴミ箱に行くようにしています
（Ｔｈｕｎｄｅｒｂｉｒｄはこの点最も強力）。　ところが登録していたデータが再起動などをするとかなり消えてしまい、
また登録しなければならなくなります。　すべて消えるわけでもなくのですが、その登録データを使って
振り分けがずっとできていたのに消えるというのが理解できません。Ｔｈｕｎｄｅｒｂｉｒｄをきちんと終了させても
消えるようです。　何か強制的にデータを記憶させる手段でもあるのでしょうか？　大体いつのタイミングで
メッセージフィルタのデータが記憶されるのでしょうか？　もしかするとデータ量に制限がありますか？
（何しろ迷惑メールが多いもので．．．）
すべての登録データがきちんと保存される方法を教えてください。