こんにちは。

１．ツール > アカウント設定 > サーバ設定 の
　　「起動時に新着メッセージがないか確認する」のチェックをはずす。
２．ファイル > フォルダを最適化　でフォルダの最適化をする。
　　しばらく時間がかかるかも知れませんが辛抱強く待ってください。
　　ハードディスクへのアクセス（ランプ等で確認）が終了したらだいじょうぶです。
３．Thunderbird を一旦終了する。
これで次に起動したら直っていると思います。

受信トレイなどにはメールを溜め込まないように他に振り分け用のフォルダを
作成して受信したメッセージを分散化させてください。
その上で「フォルダの最適化」をしてください。
# バージョン 1.0.x 系をご使用なら「フォルダの圧縮」です。

ツール > オプション > 詳細設定 > オフラインとディスク領域 > ディスク領域　に
チェックを入れて適当なサイズ値を入れて最適化の設定を強くお勧めします。
　
参照：
Mozilla Japan ナレッジベース - メールのデータベースを再構築するには
http://www.mozilla-japan.org/kb/solution/3041
Thunderbird のメッセージフォルダの最適化 - えむもじら
http://level.s69.xrea.com/mozilla/index.cgi?id=20060212_CompactFolder
mozillazine.jp - 受信トレイの要約リスト
http://mozillazine.jp/forums/viewtopic.php?t=423

　要件ファイルの作成と言う表示が左下に出てくるのですが、いつまで経っても完了せず、終了しません。
なんかそのうちにフリーズしたかのような状態になってしまって、それ以上メールソフトが処理を続行しているのかどうかもわかりません。
　どうしたらいいでしょうか？