[color=#006600]＊質問した後やアドバイスをもらった後は、放置せずに、結果や経緯を必ず書くように
　しましょう。[/color]　
　
　
当方では、アーカイブフォルダにメッセージファイルと .msf ファイルをコピーしても、
次回の起動時に、削除されることはありませんでした。
[環境：Windows 7 Professional SP1 + Thunderbird 17.0.2 日本語版]

Thunderbird 内のアカウント設定やメッセージフィルタ、迷惑メールフィルタなどの設
定で、削除するようになっていない限り、削除されることはありません。

Thunderbird 内の各種設定で、削除するようにはなっていない場合は、Thunderbird 以
外の何者かが、削除している可能性が高いと思われます。
アドオンを入れているようでしたら、それらの設定や機能も、確認してみてください。

それでも、該当するものがない場合は、今一度、ご自分の利用環境（OS の各種機能や設
定・アクセス権限、他のアプリケーションの機能・設定など）を、広く点検・見直しされ
ることをお勧めします。


【補足】
「アーカイブ」フォルダは、通常 Archives.sbd というサブフォルダです。

Thunderbirdでアーカイブメールの移行後、アプリ起動時にアーカイブメールファイルが消えるのですが、対応方法がわかる方教えてください。

WindowsXPからWindows8へバージョンアップに伴い、メールを移行しています。
Profilesなどのバックアップは取り忘れていたため新規インストールし、アカウントをセットアップ後に
Archivesフォルダへ以前のファイル(メール本体と.msfファイル)をコピーしましたが
起動時に物理的にファイルが消されているようです。

対応方法がわかる方教えてください。
Thunderbirdは17.0.2を使用しています。