メールソフトで表示される送信日時は、あくまでも「送信された日時」であって「受信した日時」ではありません。
送信側のメールサーバから受信側のメールサーバにメッセージが到達するまでの所要時間は、ネットワーク上での距離や回線の混雑状況などによって変化するため、現在のメールのシステムではそもそもリアルタイム性は保証されていません。
Thunderbird をはじめとするメールクライアントは、あくまでもメールサーバに届いたメッセージを取りに行くだけですので、サーバに届く前の段階については関与できません。

時間通りにメールが受信できていません
具体的には、21時にメールが届いており、それを確認します。
そして、2時間ぐらいたってからメールの受信に気づきソフトを立ち上げると、日時が同じ日付の17時のメールが届いています。
要はメール受信にタイムラグが発生しています。この症状は1日や2日に一回あるぐらいです。
ちなみに、Thunderbirdは最新バージョン（17.0）のbeta版を使っています。
対処法、アドバイス宜しくお願いします