少し時間が経っていますから、すでに自己解決されたかもしれませんし、この投稿もストレートな解決策ではないのですが、いくつか気がついた点をコメントさせていただきます。
問題が起こったアカウントのメールサーバ形式は IMAP でしょうか、POP でしょうか？
これによって着眼点が異なってくる場合があります。
【起こっている現象ついて】
hiro-2 さんが書きました:
先日、メールサービスと提携したというメールを読んだところ、5000件のメールと、数十件の送信メールが消滅しました。
「メールサービスと提携したというメール」を受信して開いたとたんに「5000件のメール」が消えたのでしょうか？
何らかのメッセージを読んだ（開いた）とたんに他のメッセージ群がまとめて消えたという現象をぼくは聞いたことがないので、何が起こっているのか正直いって原因や背景に見当がつきません。
一般的には、「消えた」の内容をおおまかに分類すると次のケースが考えられます。
（a）Thunderbird 上で表示されなくなってはいるがメールの実データは健在。
（b）メールの実データが消失した結果、Thunderbird 上でも表示されない。
（a）のケースだと、復旧できる可能性は十分あると思います。
一番軽い症状は、何らかのきっかけでメールの要約ファイル（*.msf）だけが単純に壊れたケースです。
この場合は、当該フォルダを [右クリック] -> [プロパティ] で開く [フォルダのプロパティ] ダイアログから [フォルダを修復] を実行することで、問題を改善できるケースがあります。
（b）のケースだとすると、かなり厄介だと思います。
一般的には、Thunderbird に誤動作があったとしても、Thunderbird 自身が勝手にメールの実データを消し去ることは極めて考えにくいです。
ウィルス対策ソフトなど他のアプリケーションによって誤消去されるようなケースも考えられますが、実際のところは調べてみないとわかりません。
そして、原因が何であれ、本当に実データが消されているなら、その復旧は簡単にはできないか、実質的に無理だと思われます。
【メールデータの実体とその場所について】
hiro-2 さんが書きました:
サンダーバード内の「メール」というフォルダーを見てもそれらしいメールは見当たりませんでした。
Thunderbird のメールデータやアドレス帳など、ユーザー固有のデータはプロファイルの配下にあります。
プロファイルの具体的な場所は OS によって、またユーザーのカスタマイズ条件によって異なります。標準的な場所とその説明は次の公式サポート記事を参考にしてください。
（参考）
・
プロファイル・
メールやアドレス帳をバックアップしておきたいのですが、どのファイルを保存しておけば良いのでしょうかこのうちメールデータは、例えば POP の場合、Mail フォルダ配下のアカウントごとのフォルダ内にあります。
C:\Users\<UserName>\AppData\Roaming\Thunderbird\Profiles\xxxxxxxx.default\Mail\<AccountName>
共通受信トレイ（ローカルフォルダ）に各アカウントを統合している場合は、～ \Mail\Local Folders\ に注目してください。
メールの実体ファイルは、例えば [受信トレイ] なら Inbox という拡張子のないファイルになります、
仮に [受信トレイ] に 5000 件のメッセージがあったのなら、5000 件分（添付ファイル含む）がまとめて Inbox という 1 つのファイルに含まれています。
ちょっとややこしいかもしれませんが、Thunderbird 上の 1 フォルダは、システム上は 1 ファイルとして存在します。
Thunderbird が標準で持っている代表的なフォルダ名と実体ファイル名の対照は次のようになります。
受信トレイ ―――― Inbox
送信済みトレイ ―― Sent
下書き ―――――― Drafts
ごみ箱 ―――――― Trash
迷惑メール ―――― Junk
テンプレート ――― Templates
それぞれに、拡張子 msf がついたファイルが並存しますが、これらは実体ファイルの要約ファイルです。
例えば、[受信トレイ] の要約ファイルなら、Inbox.msf です。
要約ファイルは、効率化や利便性のためメールデータの実体から自動生成・更新されるデータなので、もし消失したとしても本質的な被害はありません。拡張子なしのファイルを最重視してください。
いずれにしても、正しいプロファイルのありかを確認できたら、プロファイルをフォルダごと（できれば Thunderbird フォルダのレベルで）別メディアにコピーし、バックアップを確保しておくことをお勧めします。
プロファイル内の各データが破損・消失していなければ、そうしておくことで復旧の可能性を高められます。
【復旧について】
hiro-2 さんが書きました:
どうすればメールをサルベージ出来るか分かりません。
原理的には、Inbox など拡張子のないファイル（メールデータの実体）が破損していなければ、メールの復旧は可能です。
そのためには、プロファイル内のデータが正常であるかどうかを見極める必要があるのですが、Inbox ファイルなどを見ただけではデータに破損があるかないかは判断できません。
5000 件のメールが [受信トレイ] にあったのに、Inbox のファイルサイズが 4 KB しかないなら、明らかにおかしいといえますが、受信メールの条件によってはファイルサイズに相当の幅ができるはずです。
1 通平均 8 KB 程度のプレーンテキスト形式のメール 5000 件ですと、簡易的に計算して Inbox ファイルのサイズは 40 MB 程度です。
一方、1 MB の添付ファイルがついたメールが全体の 4 割（2000件）あると、それだけで Inbox は 2 GB を超える計算になります。
このあたりは、実際に使ってきた当のユーザーが判断するしかありませんが、ありえない数値でなければ、いちおうデータは正しく残っているという前提で、いろいろ試してみることになると思います。（試行に失敗したとき、バックアップがあるとやり直しがききます。）
Inbox が妥当な（と考えられる）ファイルサイズを持っているということは、上述の（a）に該当するとみなせるわけですから、「フォルダの修復」などを試してみる価値はあると思います。
受信メールだけでなく「数十件の送信メールが消滅しました」とのことですから、そのアカウント全体が何らかのダメージを受けている可能性も考えられます。
別の確認方法としては、目的の Inbox ファイルのサイズがそれほど大きくないなら、Inbox ファイルの複製を作り、ファイル名を変えて別のアカウントまたは Local Folders 配下に移動した上で Thunderbird を起動してみてください。変更したファイル名のフォルダが、移動先のアカウント配下に現れるはずです。
システム上でファイル名を TEST にしたものをアカウント B の配下に移動したら、Thunderbird 上のアカウント B の配下に TEST というフォルダが現れる、という具合にです。
このフォルダを選択したときスレッドペインに元のメッセージ一覧が表示されるなら、実データは正常である可能性が高いですし、元のアカウントに何らかの問題が起こっていると考えることもできると思います。
復旧をお急ぎだろうと思いますが、そのためにもプロファイルについての理解を深めることをお勧めしておきます。
プロファイルについての正しい理解を持っていると、正確かつ効率的に復旧をすすめられるからです。
逆に、知らないままいじり回すと、かえって症状を悪化させ復旧を遠ざけてしまうことがしばしばあります。
（正常に復旧できたら、大量のメールをひとつのトレイ／フォルダに溜め込まないよう、適宜分散・整理することを強くお勧めします。）
hiro-2 さんのところのプロファイルの状態やこれまでに試した方法をできるだけ詳しく説明していただくと、その状態からの復旧にふさわしい手順を他のユーザーさんがアドバイスしてくださるかもしれません。
長くなりましたが以上です。的外れだったらすみません。
少し時間が経っていますから、すでに自己解決されたかもしれませんし、この投稿もストレートな解決策ではないのですが、いくつか気がついた点をコメントさせていただきます。
問題が起こったアカウントのメールサーバ形式は IMAP でしょうか、POP でしょうか？
これによって着眼点が異なってくる場合があります。
【起こっている現象ついて】[quote="hiro-2"]先日、メールサービスと提携したというメールを読んだところ、5000件のメールと、数十件の送信メールが消滅しました。[/quote]
「メールサービスと提携したというメール」を受信して開いたとたんに「5000件のメール」が消えたのでしょうか？
何らかのメッセージを読んだ（開いた）とたんに他のメッセージ群がまとめて消えたという現象をぼくは聞いたことがないので、何が起こっているのか正直いって原因や背景に見当がつきません。
一般的には、「消えた」の内容をおおまかに分類すると次のケースが考えられます。
（a）Thunderbird 上で表示されなくなってはいるがメールの実データは健在。
（b）メールの実データが消失した結果、Thunderbird 上でも表示されない。
（a）のケースだと、復旧できる可能性は十分あると思います。
一番軽い症状は、何らかのきっかけでメールの要約ファイル（*.msf）だけが単純に壊れたケースです。
この場合は、当該フォルダを [右クリック] -> [プロパティ] で開く [フォルダのプロパティ] ダイアログから [フォルダを修復] を実行することで、問題を改善できるケースがあります。
（b）のケースだとすると、かなり厄介だと思います。
一般的には、Thunderbird に誤動作があったとしても、Thunderbird 自身が勝手にメールの実データを消し去ることは極めて考えにくいです。
ウィルス対策ソフトなど他のアプリケーションによって誤消去されるようなケースも考えられますが、実際のところは調べてみないとわかりません。
そして、原因が何であれ、本当に実データが消されているなら、その復旧は簡単にはできないか、実質的に無理だと思われます。
【メールデータの実体とその場所について】[quote="hiro-2"]サンダーバード内の「メール」というフォルダーを見てもそれらしいメールは見当たりませんでした。[/quote]
Thunderbird のメールデータやアドレス帳など、ユーザー固有のデータはプロファイルの配下にあります。
プロファイルの具体的な場所は OS によって、またユーザーのカスタマイズ条件によって異なります。標準的な場所とその説明は次の公式サポート記事を参考にしてください。
（参考）
・[url=https://support.mozillamessaging.com/ja/kb/profiles]プロファイル[/url]
・[url=http://www.mozilla.jp/thunderbird/support/kb/002600]メールやアドレス帳をバックアップしておきたいのですが、どのファイルを保存しておけば良いのでしょうか[/url]
このうちメールデータは、例えば POP の場合、Mail フォルダ配下のアカウントごとのフォルダ内にあります。
C:\Users\<UserName>\AppData\Roaming\Thunderbird\Profiles\xxxxxxxx.default\Mail\<AccountName>
共通受信トレイ（ローカルフォルダ）に各アカウントを統合している場合は、～ \Mail\Local Folders\ に注目してください。
メールの実体ファイルは、例えば [受信トレイ] なら Inbox という拡張子のないファイルになります、
仮に [受信トレイ] に 5000 件のメッセージがあったのなら、5000 件分（添付ファイル含む）がまとめて Inbox という 1 つのファイルに含まれています。
ちょっとややこしいかもしれませんが、Thunderbird 上の 1 フォルダは、システム上は 1 ファイルとして存在します。
Thunderbird が標準で持っている代表的なフォルダ名と実体ファイル名の対照は次のようになります。
受信トレイ ―――― Inbox
送信済みトレイ ―― Sent
下書き ―――――― Drafts
ごみ箱 ―――――― Trash
迷惑メール ―――― Junk
テンプレート ――― Templates
それぞれに、拡張子 msf がついたファイルが並存しますが、これらは実体ファイルの要約ファイルです。
例えば、[受信トレイ] の要約ファイルなら、Inbox.msf です。
要約ファイルは、効率化や利便性のためメールデータの実体から自動生成・更新されるデータなので、もし消失したとしても本質的な被害はありません。拡張子なしのファイルを最重視してください。
いずれにしても、正しいプロファイルのありかを確認できたら、プロファイルをフォルダごと（できれば Thunderbird フォルダのレベルで）別メディアにコピーし、バックアップを確保しておくことをお勧めします。
プロファイル内の各データが破損・消失していなければ、そうしておくことで復旧の可能性を高められます。
【復旧について】[quote="hiro-2"]どうすればメールをサルベージ出来るか分かりません。[/quote]原理的には、Inbox など拡張子のないファイル（メールデータの実体）が破損していなければ、メールの復旧は可能です。
そのためには、プロファイル内のデータが正常であるかどうかを見極める必要があるのですが、Inbox ファイルなどを見ただけではデータに破損があるかないかは判断できません。
5000 件のメールが [受信トレイ] にあったのに、Inbox のファイルサイズが 4 KB しかないなら、明らかにおかしいといえますが、受信メールの条件によってはファイルサイズに相当の幅ができるはずです。
1 通平均 8 KB 程度のプレーンテキスト形式のメール 5000 件ですと、簡易的に計算して Inbox ファイルのサイズは 40 MB 程度です。
一方、1 MB の添付ファイルがついたメールが全体の 4 割（2000件）あると、それだけで Inbox は 2 GB を超える計算になります。
このあたりは、実際に使ってきた当のユーザーが判断するしかありませんが、ありえない数値でなければ、いちおうデータは正しく残っているという前提で、いろいろ試してみることになると思います。（試行に失敗したとき、バックアップがあるとやり直しがききます。）
Inbox が妥当な（と考えられる）ファイルサイズを持っているということは、上述の（a）に該当するとみなせるわけですから、「フォルダの修復」などを試してみる価値はあると思います。
受信メールだけでなく「数十件の送信メールが消滅しました」とのことですから、そのアカウント全体が何らかのダメージを受けている可能性も考えられます。
別の確認方法としては、目的の Inbox ファイルのサイズがそれほど大きくないなら、Inbox ファイルの複製を作り、ファイル名を変えて別のアカウントまたは Local Folders 配下に移動した上で Thunderbird を起動してみてください。変更したファイル名のフォルダが、移動先のアカウント配下に現れるはずです。
システム上でファイル名を TEST にしたものをアカウント B の配下に移動したら、Thunderbird 上のアカウント B の配下に TEST というフォルダが現れる、という具合にです。
このフォルダを選択したときスレッドペインに元のメッセージ一覧が表示されるなら、実データは正常である可能性が高いですし、元のアカウントに何らかの問題が起こっていると考えることもできると思います。
復旧をお急ぎだろうと思いますが、そのためにもプロファイルについての理解を深めることをお勧めしておきます。
プロファイルについての正しい理解を持っていると、正確かつ効率的に復旧をすすめられるからです。
逆に、知らないままいじり回すと、かえって症状を悪化させ復旧を遠ざけてしまうことがしばしばあります。
（正常に復旧できたら、大量のメールをひとつのトレイ／フォルダに溜め込まないよう、適宜分散・整理することを強くお勧めします。）
hiro-2 さんのところのプロファイルの状態やこれまでに試した方法をできるだけ詳しく説明していただくと、その状態からの復旧にふさわしい手順を他のユーザーさんがアドバイスしてくださるかもしれません。
長くなりましたが以上です。的外れだったらすみません。
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