[color=#006600]＊質問・投稿する前に [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用について[/url] を読んでその内容を理解した上で
　それに沿って投稿しましょう。
＊質問・投稿する前に、製品のヘルプやサポートページで検索・閲覧・確認してみまし
　ょう。
＊ご自分の利用環境として OS の種類と Thunderbird の正確なバージョンぐらいは書
　き添えましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後には結果や経緯を必ず書くようにしましょう。[/color]
　
　
すべてのメッセージが削除されたアカウントは POP ですか？それとも IMAP ですか？

まず本当にすべて削除されたのか確認してみてください。
メッセージデータはプロファイル内にあります。
[color=#006600]　＃POP ならば Mail フォルダ配下にアカウント毎にあります。
　＃IMAP ならば ImapMail フォルダ配下にアカウント毎にあります。[/color]

[参照] プロファイルの場所は以下を参照してください。
[url=http://support.mozillamessaging.com/ja/kb/profiles]プロファイル | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ[/url]
　

次に、Thunderbird でメッセージを削除するような設定をしていないか確認してみましょう。
他にはセキュリティ対策ソフトなどの他のアプリケーションなどが削除するような挙動をして
いなかったか確かめてみましょう。


最後に、Thunderbird のどこかに問題があるのかも知れません。
念のため以下のトラブルシューティングをおこなって再現性がないか対処してみましょう。

１．Thunderbird のセーフモード起動
２．Thunderbird の新規プロファイルの追加作成とその適用
３．Thunderbird の再インストール

[参照]
[url=http://support.mozillamessaging.com/ja/kb/safe-mode]セーフモード | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ[/url]
[url=http://support.mozillamessaging.com/ja/kb/using-multiple-profiles]複数のプロファイルを使用する | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ[/url]

[セーフモード起動の補足]
Thunderbird 5.0 以降では、セーフモードの実行方法が変更・追加されています。
（A）起動中の Thunderbird からセーフモードで再起動する場合
　　　メニューの [ヘルプ] -> [アドオンを無効にして再起動] を実行してください。
（B）終了している Thunderbird をセーフモードで起動する場合
　　　[Shift] キーを押したまま、通常の手順でスタートメニューやデスクトップの
　　　アイコンから起動してください。
（C）従来どおりの -safe-mode の起動オプションも有効です。

いずれの場合も、[Thunderbird セーフモード] というダイアログが表示されます。
どの項目もチェックをつけないで [セーフモードを続ける] ボタンを押してください。
　

【大きなお世話】
質問投稿する際の件名は、内容に沿ったものにしましょう。
　

今朝、Thunderbirdを立ち上げたら
起動した瞬間に勝手にメールの削除が始まって未読メールを含めてすべて削除されてしまいました。
ゴミ箱の中から元に戻そうとゴミ箱に切り替えたら
そこも勝手に勢いよく削除されてしまい完全に消失してしまいました。

再起動したら何事もなかったかの様に動いています。

調べてみた所ウイルスに犯されてるという事もないんですが・・・

皆様のお力を拝借したく
よろしくお願いします。