【補足】　
仕様が変わったのではありません。
　[color=#006600]＃IMAP 強制適用になったわけではありません。[/color]

Thunderbird のアカウント設定をおこなう際に、ご利用のプロバイダが IMAP 接続を提供して
いれば、そちらを優先するだけで、POP もご自身で選択できるようになっています。
つまり、ユーザ側で選択してアカウント設定できる仕様です。
　[color=#006600]＃後から POP アカウントの追加設定もできます。[/color]


【大きなお世話】
Thunderbird バージョン 8.0 系はすでにサポート終了となっています。
すみやかに現在のサポートバージョンである 9.0.1 にアップデートされるのをお勧めします。
　[color=#006600]＃自動アップデート機能がありますので、有効にして利用しましょう。[/color]
[参照]
[url=http://mozilla.jp/blog/entry/7588/]Thunderbird の最新版を公開しました | Mozilla Japan ブログ[/url]
[url=http://mozillazine.jp/?p=2818]MozillaZine.jp » Thunderbird 9.0.1 がリリースされた[/url]
　

kiki様
ご丁寧に有り難うございます。
なるほど、仕様が変わってPOPからIMAPになってたからなのですね。
納得できました。
有難うございました。

　
以下が同類事例の過去トピックです。
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=12436]サーバーにメッセージを残す。[/url]

[quote="じじた"]過去ログも見ましたが、イマイチ解決方法がわかりません。[/quote]
上記を読んでもわからない点がある場合は、どこがどのようにわからないのかを具体的に書いてください。
上記の過去トピックと違うものを参照された場合は、どのトピックなのか書いてください。
　

すみません、verですが、3.1ではなく8.0の間違いでした。

現在、Ｗｉｎ７でver3.1を使用しています。
以前、XPで使っていた時（verは不明、昨年5月頭くらいまで）は設定で『メッセージをダウンロード後はサーバから削除する』という項目があったのですが、今のバージョンでは見つかりません。
携帯からメールサーバを見て、削除したと思っていたメールがたくさん残っているのに気づきました。
過去ログも見ましたが、イマイチ解決方法がわかりません。
どうぞご教授くださいませ。