まず標準では左側のフォルダペイン（アカウント別フォルダツリー表示の場所）にはアカウント別
に表示されます。
それがローカルフォルダだけであれば、そのように設定変更したか、どこかに問題があります。

まず以下のヘルプガイドを読んでアカウントを「共通受信トレイ」に統合していないか確かめてく
ださい。
[url=http://mozilla.jp/thunderbird/support/kb/002632]Thunderbird ナレッジベース - 共通受信トレイを使わず、アカウントごとにメールボックスを管理するには[/url]
[url=http://mozilla.jp/thunderbird/support/kb/002651]Thunderbird ナレッジベース - 共通受信トレイ[/url]

次に「迷惑メール」フォルダは迷惑メールの判定・指定を実行しないと迷惑メールはそこに移動し
ません。
フィルタログを有効にして履歴を確認してみてください。

それでも改善されない場合はプロファイルに不具合が起きているか、インストールが正常にできて
いない可能性があります。
以下のトラブルシューティングをおこなって切り分け＆対処してください。
[url=http://mozilla.jp/thunderbird/6.0.2/releasenotes/#sec-troubleshooting]Mozilla Thunderbird 6.0.2 リリースノート - トラブルシューティング[/url]
[url=http://support.mozillamessaging.com/ja/kb/safe-mode]セーフモード | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ[/url]
[url=http://support.mozillamessaging.com/ja/kb/using-multiple-profiles]複数のプロファイルを使用する | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ[/url]


また設定した内容が保存されない問題は改善されましたか？
　

オプション内にある [セキュリティ] パネルの [迷惑メール] タブで、迷惑メールフォルダへ移動するにチェックしています。また、 [ツール] から [アカウント設定] を選択して [迷惑メール] を選択して、 迷惑メールフィルタの設定内にある [迷惑メールと判断された受信メッセージを次のフォルダに移動する] にチェックを入れています。しかし、迷惑メールフォルダは表示されません。サポートの説明通りに行っても、移動先がローカルフォルダしか選択できない為、移動先をローカルフォルダで一度していしました。サポートの説明写真では、次のアカウントの迷惑メールフォルダは、メールアドレスになっていますし、その他のフォルダを指定もローカルフォルダのjunkフォルダになっています。しかし、私の場合は、次のアカウントの迷惑メールフォルダはローカルフォルダのみです。

Thunderbirdのプロファイルを調べてたところ、１つのアカウントのみjunkファイルがありました。そのjunkファイルには迷惑メールが入っているのか1MBほどあります。しかし、そのアカウント(オプション含む)の迷惑メールフィルタの設定をしようとしても、ローカルフォルダしか表示がなく、またローカルフォルダでOKしても、設定が有効になりません。

どうすれば良いのかわからない状況です。

　
[color=#006600]＊質問・投稿する前に [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用について[/url] を読んでその内容を理解した上でそれに
　沿ってみることをお勧めします。
＊質問した後やアドバイスをもらった後には結果や経緯を必ず書くようにしましょう。[/color]


迷惑メールフィルタはアカウント毎に設定するだけではなく、オプションでも設定が必要です。
以下一度よく確認してみてください。
＃アカウントにはローカルフォルダも含まれます。
[参照]
[url=http://mozilla.jp/thunderbird/support/tutorials/junk]Thunderbird サポート - 使い方ガイド - 迷惑メールフィルタ[/url]


次にこのフォーラムの過去トピックの類似事例をよく読んで参考にして対処してみましょう。
もしわからないことがあれば具体的に質問してください。
そして対処してみた結果を書いてください。
[過去トピックの類似及び参考事例]
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=10895][解決済み] 迷惑メールがあっても迷惑メールフォルダーに出ない[/url]
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=10627]迷惑メールフォルダーにメッセージが入らない[/url]
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=9794]Junkとjunklog.html　がないので迷惑メールフォルダにメールが自動に行きません[/url]
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=11024]Training.datやjunklog.htmlが全く作成されない。[/url]
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=10190]迷惑メールに関して[/url]


次に Thunderbird の設定が保存されない場合は以下を参照してください。
[参照]
[url=http://mozilla.jp/thunderbird/support/kb/002617]Thunderbird ナレッジベース - アカウント設定やオプションが保存されない[/url]
　

windows7のPC買い替えで、Outlook Expressがないので、Thunderbird6.0.2へ移行しました。
メールフォルダ・アドレス帳の移行は終わったのですが、迷惑メールフォルダが表示されません。
ツール→アカウント設定→迷惑メールより「迷惑メールと判断された場合、次のフォルダに移動する」にチェックするも、「次のアカウントの迷惑メールフォルダ」は、ローカルフォルダしか表示がありません。
そのような状態でしたのではっきりとは覚えていませんが、ローカルフォルダの迷惑メールフィルタで移動先をローカルフォルダに設定し、OKするも、迷惑メールフォルダができず。また、１つのアカウントの迷惑メールフィルタをローカルフォルダにして、OKしても迷惑メールフォルダができません。その他のアカウントも同様に設定しているうちに気付いたことがあります。迷惑メール設定後、OKするも、再度迷惑メールフィルタを開いても、有効になっていません。
Thunderbirdのプロファイルを調べてたところ、１つのアカウントのみjunkフォルダがありました。しかし、そのアカウントの迷惑メールフィルタの設定をしようとしても、ローカルフォルダしか表示がなく、またローカルフォルダでOKしても、設定が有効になりません。
現状としては迷惑メールのチェックをするとすぐにそのメールは消えます。しかし、その迷惑メールフォルダが表示されない為、間違って迷惑メール設定してしてしまったメールの設定解除することもできません。かなり行き詰っています。どうしたらよろしいでしょうか？