パスワード認証が必要なフィード（RSS や Atom）を Thunderbird で購読したことがないので、思いっきり外しているかもしれませんけど......。

他の従業員が使っている Thunderbird では、毎回起動直後のメッセージ取得で認証ダイアログは出ていないのに、w2tnumata さんの Thunderbird だけ出るというお話ですか？
それとも、すべての従業員がご質問のような動作になっているというお話ですか？

[quote="w2tnumata"]・Thunderbirdで、社内サーバ（SharePoint）のrssを受信している
・サーバアクセスにはユーザ名/パスワードの認証が必要[/quote]
こういうクローズドな環境で起こっている問題は、部外者には事実上ブラックボックスと同じです。サーバ条件も不明、試しにアクセスして動作検証することも不可能、これで問題点の的を射るのは困難だと思います。

社内サーバで管理・配信されているフィードを従業員が購読するにあたり、推奨環境やマニュアルなどは提示されていないのでしょうか。
個人的には、この手のクローズドな環境での問題は、システム管理者に相談するのが一番だと思います。なぜなら、社内サーバの仕様・設定条件等を詳しく知っていて、クライアント側での利用条件を具体的に説明できるはずだからです。
その上で、ソフトウェア固有の不明点があれば、このようなフォーラムでその部分を質問すればいいと思います。

[quote="w2tnumata"]メール受信であれば保存しておけば、
ダイアログは表示されないですが、
フィードの場合には表示されるものなのでしょうか？？[/quote]
そもそも、電子メールとフィードを同列には論じられないと思います。
フィードは Web サーバ（HTTP サーバ）と http または https で通信しているものですし、電子メールはメールサーバと POP3 や IMAP4 や SMTP で通信しているものです。
それぞれのサーバの使用目的や性格も異なりますから、クライアント側の認証動作も機械的に一律化していいものではないかもしれません。
Thunderbird は、フィードの購読機能を持っているとはいえ、基本的にメールクライアントです。
[アカウント設定] を開くとわかりますが、メールアカウント（POP / IMAP）とフィードアカウントは設定項目からしてまったく違います。

以上のような事情をふまえた上で、いくつか気がつくことを書いてみます。

[quote="w2tnumata"]この状態で、アプリケーション起動したとき自動受信、
または "メッセージを取得する" から受信しようすると、
　「ユーザ名とパスワードを入力してください」
のダイアログが表示されてしまいます。
（ユーザ名/パスワードは自動入力される）[/quote]
Firefox がログイン画面でオートコンプリートの動作をとるような感じですね。
いったんログインしてしまえば、Thunderbird を起動中はその状態を維持しているようですが、終了後に再起動した場合は初期状態にリセットされるようです。
サーバ側の認証条件しだいなんですが、一般論としていえば Cookie による認証管理が可能なら、Thunderbird でも対応できるかもしれません。[オプション] -> [セキュリティ] -> [Web コンテンツ] -> [サイトから送られてきた Cookie を保存する] を調整にすることで（デフォルトで有効なんですが...）、もしかしたらご希望の動作がかなうかもしれません。

また、これもサーバ側の条件しだいなんですが、下記の記事が参考になるかもしれません。
・[url=http://support.mozilla.com/ja/kb/%E5%86%85%E9%83%A8%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%83%88%E3%81%A7%20Firefox%20%E3%81%AB%E3%83%A6%E3%83%BC%E3%82%B6%E5%90%8D%E3%81%A8%E3%83%91%E3%82%B9%E3%83%AF%E3%83%BC%E3%83%89%E3%82%92%E6%B1%82%E3%82%81%E3%82%89%E3%82%8C%E3%82%8B]内部サイトで Firefox にユーザ名とパスワードを求められる | トラブルシューティング | Firefox ヘルプ[/url]
Firefox の記事ですが、ここにある設定項目は Thunderbird にもあります。

いずれにしても、サーバ側の条件とかみ合わないと話になりませんから、やはり社内サーバを管理しているシステム管理者に相談なさるほうがいいと思います。（管理者にとっても、各クライアントで何が起こっているかを知る機会になるかもしれませんし...。）

とりあえず以上です。外してたらすみません。

現象：

・Thunderbirdで、社内サーバ（SharePoint）のrssを受信している
・サーバアクセスにはユーザ名/パスワードの認証が必要
・「パスワードマネージャに保存」のチェックをONにして保存済み
・[ツール] - [オプション...] - [セキュリティ] - [パスワード]タブの
　「保存されているパスワード」で、該当サイトのユーザ名/パスワードを確認できる

この状態で、アプリケーション起動したとき自動受信、
または "メッセージを取得する" から受信しようすると、
　「ユーザ名とパスワードを入力してください」
のダイアログが表示されてしまいます。
（ユーザ名/パスワードは自動入力される）

なお、ここでOKボタンを押すと、正しくダウンロードができ、
それ以降の受信ではダイアログは表示されないです。

メール受信であれば保存しておけば、
ダイアログは表示されないですが、
フィードの場合には表示されるものなのでしょうか？？

何か情報があれば教えていただければ助かります。
どうぞよろしくお願いします。



---- 環境 ----
使用しているThunderbird：
　　　自動更新による最新版（Thunderbird 6.0.2）

使用している拡張機能：
　　　MinimizeToTray revived (MinTrayR) 1.0

使用しているOS,環境：
　　　Windows 7 Professional

使用しているセキュリティツール（ウィルスチェッカ、ファイアウォールなど）：
　　　McAfee トータルプロテクション