当方 Windows ユーザーですので、項目名などの表記は Windows 版の仕様に拠ります。適宜、Mac 版向けに読み替えて解釈していただければと思います。

メニューの [表示] -> [フォルダ] で選択できるフォルダペインの表示形式の切り替えを、キーボードからおこないたいということでしょうか（アクセスキーではなくショートカットで）。
Thunderbird の標準状態では、フォルダ表示の切り替えにショートカットは割り当てられていませんし、これをユーザーが任意に設定できる機能も用意されていません。

しかし当方の環境（Windows XP SP3 + Thunderbird 6.0.1）で、フォルダペイン上部のヘッダにある左右向きの 2 つの三角ボタンの動作を、keyconfig を使って [Alt] + [→] と [Alt] + [←] に割り当て、キーボードから操作することは可能でした。

お使いの Thunderbird に keyconfig が正しくインストールされていることを前提に概略を記すと以下のようになります。

（1）keyconfig の設定画面を開き、[新しいキーを追加] ボタンを押す。
（2）開いた画面（Key Editor）の [名前] 欄に、これから設定するキー動作に任意の名前をつける。
（3）その下の「/* Code */」と表示された欄に、
　gFolderTreeView.cycleMode(true);
　と記述し、[OK] ボタンで閉じる。
（4）戻った（1）の画面でキーボードから任意のキーを押下する。
　　｜ 当方の事例では、[Alt] + [→] の組み合わせを使いました。
　　｜ 他のショートカットと重複するキーにならないよう注意してください。
（5）キーの組み合わせが指定されるので、[適用] ボタンを押す。これで登録完了。
（6）逆方向の巡回も登録。同様に（1）からの手順をくり返し、（3）のところで、
　gFolderTreeView.cycleMode(false);
　と記述し、[OK] ボタンで閉じる。
（7）（4）と同様の手順で、対になるキーの組み合わせを登録する。
　　｜ 当方の事例では、[Alt] + [←] の組み合わせを使いました。
　　｜ 他のショートカットと重複するキーにならないよう注意してください。

おおよそ、こんな感じです。
当方の事例では、[Alt] キーを押しながらの [←] と [→] のキー操作で、フォルダペインの表示形式を [統合フォルダ] -- [すべてのフォルダ] -- [未読フォルダ] -- [お気に入りフォルダ] -- [最近使用したフォルダ] と循環して切り替えることができました。
[統合フォルダ] や [すべてのフォルダ] の表示を個別に狙い打つようなキーボードショートカットは、別のアプローチが必要だと思います。

今回は、質問文に名前が出ていたので keyconfig を使いましたが、同様のことは、keysnail でもできると思います。

他にもっとエレガントな方法があるかもしれませんし、Mac で通用するかどうかはわかりませんが、とりあえず参考まで...。
外してたらすみません。

スマートフォルダの切り替え（統合フォルダ→すべてのフォルダ→未読フォルダ 等）を
ショートカットキー(キーボード)で実現できないかと思ったのですが方法が見つかりませんでした。

keyconfig や nostalgy といったアドオンも試してみたのですが、いまいち方法がわからず。。

もしご存知の方がいらっしゃれば教えて頂けませんでしょうか。

Mac OS X 10.6.8
Thunderbird 6.0

よろしくお願いします。