[size=100][color=blue]※質問するときは、[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?p=19321]フォーラムの利用について [投稿する前にお読みください][/url] に目を通し、OS の種類や Thunderbird のバージョンといった使用環境についての最低限の情報を書き添えるか、[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?p=19321#17986]投稿用テンプレート[/url] の利用をお勧めします。[/color][/size]

[quote="T&M"]自動返信機能はThunderbirdにはついているんでしょうか？[/quote]
ストレートに「自動返信機能」と名前のついたものはありません。
すでにお試しのように、メッセージフィルタの機能を使って簡易的な自動返信は可能です。
ただし、条件によってはうまく動作しないケースもあるようです。

メッセージフィルタに関する Thunderbird の標準的な動作は下記のとおりです。

メッセージフィルタは、フィルタリングの対象とするアカウントおよびフォルダ / トレイを指定してフィルタを作っていきます。
フィルタ条件の設定で、[以下の動作を実行する] から [テンプレートを使用して返信する] を選択すると、その右側のドロップダウンメニューに対象アカウント配下の [テンプレート] フォルダ内に作られているテンプレートが件名で表示され、選択可能になります。
フィルタ条件が矛盾なく設定できれば、条件に合致したメッセージを受信したとき、テンプレートを使った自動返信が実行されます。
（試しに、当方の Windows XP SP3 + Thunderbird 5.0 の環境で、自分持ちの複数のアドレスを使い、受信メッセージの特定の差出人に対してテンプレートを使った自動返信をするフィルタを作って試してみましたが、問題なく動作しました。）

で、ご質問の件ですが、[テンプレートを使用して返信する] を選択しても、その右側に既存のテンプレートが何も表示されず、選択そのものができないということでしょうか？

Thunderbird のアカウント設定を、アカウントごとの管理にしているか、共通受信トレイ（ローカルフォルダ）にまとめているか、POP か IMAP かで着眼点も変わってくるかと思いますが、とりあえずは [アカウント設定] から当該アカウントの [送信控えと特別なフォルダ] -> [下書きとテンプレート] -> [テンプレートの保存先] がどうなっているかを確認してみてはいかがでしょう。
もし、Thunderbird の更新前後で問題が発生しているなら、下記の公式サポートの記事を参考に、セーフモードまたは新規プロファイルでの動作を確認してみると、問題点が切り分けられるかもしれません。
（参考）
・[url=http://support.mozillamessaging.com/ja/kb/safe-mode]セーフモード[/url]
・[url=http://support.mozillamessaging.com/ja/kb/using-multiple-profiles]複数のプロファイルを使用する[/url]

とりあえず以上です。外してたらすみません。

自動返信機能はThunderbirdにはついているんでしょうか？

今、メッセージフィルタから迷惑メールのアドレスを指定して、編集画面から
以下の動作を実行する欄で、「テンプレートを使用して返信する」を選択したんですが、
選べる項目がないんです。　

テンプレートフォルダには新規作成で作ったテンプレートがあるんですが・・。
やり方が今ひとつわかりません。　ご存知のかたおられましたら

教えて下さいませんか？