ご回答有り難うございます。

セーフモードを試しましたが、ダメでした。

これからはアドオンなどを削除してみます。

横から失礼します。

Windows XP SP3（32bit）上の Thunderbird 3.1.10 + Internet Explorer 8（以下、IE8 と略記） の組み合わせで試してみました。
IE8 をシステム既定のブラウザにした上で、Thunderbird 3.1.10 で受信したメールに記されているリンクをクリックしました。
＊IE8 が起動していないとき
リンクをクリックすると IE8 が起動して当該リンクのページを開きました。そのとき IE8 のアドレスバーには当該リンクの URL が表示されています。

＊IE8 が起動しているとき
リンクをクリックすると、起動中の IE8 で新しいタブが開いて当該リンクのページを開きました。そのとき IE8 のアドレスバーには当該リンクの URL が表示されています。

異なるリンクをいくつか試しましたが、当方の環境ではご質問のような現象は再現しませんでした。
リンクの形式は、
http://mozilla.jp/
[url=http://mozilla.jp/]Mozilla Japan[/url]
でも同じ結果でした。

いまの段階でひとつ考えられるのは、Thunderbird に入れたアドオンが影響していないかどうかです。
もしリンク関係の動作を拡張するアドオンが入っているなら、それがあやしいかもしれません。
下記のサポート記事を参考に、Thunderbird をセーフモードで起動してリンクの動作を確認してみてください。
（参考 - Thunderbird ヘルプ）
・[url=http://support.mozillamessaging.com/ja/kb/safe-mode]セーフモード[/url]
（注：ページ上、「Firefox ヘルプ」となっていますが Thunderbird の記事です。……まだ直ってませんね。）

それで問題が再現されないなら、アドオンのどれかが原因でしょう。問題のアドオンを特定して対処（削除、更新、設定の見直しなどを）してください。
それでも問題が再現されるなら、別のところに原因があることになります。Thunderbird 本体か、OS か、IE8 か......。
Thunderbird で試すなら、一時的にテスト用の新規プロファイルを作り、最小限の設定を施してリンクの動作だけ確かめてみてください。問題点を切り分けていけると思います。
（参考 - Thunderbird ヘルプ）
・[url=http://support.mozillamessaging.com/ja/kb/using-multiple-profiles]複数のプロファイルを使用する[/url]
・[url=http://support.mozillamessaging.com/ja/kb/profiles]プロファイル[/url]

直接的な解決策ではありませんが、とりあえず...。外してたらすみません。

インターネットオプションのタブの設定はどう成ってますか？
（タブブラウズの設定）
「他のプログラムを開く方法」。

ie8を閉じた状態からThunderbird 3.1.10にて受信したリンク先をクリックするとie8は起動しますが空白ページになってしまいます。

ie8を起動した状態から同じ操作をすると新しいタブでリンク先が表示されます。

（環境）
Thunderbird 3.1.10
OS:Windows7 home 64bit

このような事例報告はありますでしょうか？
ご指導をお願いいたします。