[color=#006600]＊質問・投稿する前に [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用について[/url] を読むのをお勧めします。
＊環境として Thunderbird のバージョンぐらいは書き添えましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後には結果や経緯を必ず書くようにしましょう。[/color]
　

質問ですか？それとも不具合のレポートですか？

[quote="Thunderbird user2011"]受信トレイでメッセージを既読にすると受信トレイに残らないでメッセージファイルには保存されていて、そのファイルを開かないと見れない。[/quote]
既読にしたら「受信トレイ」のスレッドペイン（メッセージ一覧）からそのメッセージが消える、あるい
は表示されないということですか？

「受信トレイ」にそのままメッセージが残らない何かが起きていると思われます。
既読にしたら何かしらの挙動を発動するようなアドオンなどはありませんか？
メッセージフィルタの条件設定で既読に対しての処理をおこなうようになっていて受信操作の際に
それが機能しているということはありませんか？

フォルダの「最適化」や「フォルダを修復」をおこなっても改善されませんか？

一方で「そのファイルを開かないと見れない」というのはどのようにそのファイルを選択して開いて
いるのですか？

[quote="Thunderbird user2011"]4つのアカウントを設定しているが他のアカウントでは既読のものは削除しない限り受信トレイに残りいつでも見れる。環境・アカウント設定は4つとも同じ。[/quote]
まったく同じ設定内容なのにその該当アカウントだけで起きている問題だということですね。

ちなみにどのようなアカウント内容なのでしょうか？
POP ですか？IMAP ですか？

定石的ですが以下のトラブルシューティングでも再現するか確認してみるのをお勧めします。
[url=http://mozilla.jp/thunderbird/3.1.7/releasenotes/#troubleshooting]Mozilla Thunderbird 3.1.7 リリースノート - トラブルシューティング[/url]
[url=https://support.mozillamessaging.com/ja/kb/%E3%82%BB%E3%83%BC%E3%83%95%E3%83%A2%E3%83%BC%E3%83%89]Mozilla Messaging / ナレッジベース / セーフモード[/url]
[url=https://support.mozillamessaging.com/ja/kb/%E8%A4%87%E6%95%B0%E3%81%AE%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%82%92%E4%BD%BF%E7%94%A8%E3%81%99%E3%82%8B]Mozilla Messaging / ナレッジベース / 複数のプロファイルを使用する[/url]
　

受信トレイでメッセージを既読にすると受信トレイに残らないでメッセージファイルには保存されていて、そのファイルを開かないと見れない。4つのアカウントを設定しているが他のアカウントでは既読のものは削除しない限り受信トレイに残りいつでも見れる。環境・アカウント設定は4つとも同じ。使用環境、MacG5、OSX（10.4.11）